cryo-EM Re-Refine

Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6FLQ	4275	2023-05-12	2018-01-26	3.6	3.93	3.76	40.0	0.016	1.33	0.0	0.07	14.73	0.01	1.897	5.97	1.40	10.8	89.1	0.1	-4.32	0.16	0.02	0.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30201	3868	10	91	3	0	0	logfile
✘	6VVX	21406	2023-05-12	2020-02-18	3.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29858	3508	12	128	4	0	0	logfile
✘	6VVY	21407	2023-05-12	2020-02-18	3.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30033	3516	12	130	4	0	0	logfile
✘	7WLD	32582	2023-05-08	2022-01-13	2.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19732	2393	11	0	29	0	0	logfile
✘	7MiY	23868	2023-05-09	2021-04-18	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21483	2598	10	0	28	0	0	logfile
✘	7DXB	30903	2023-05-10	2021-01-18	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24244	2952	8	0	32	0	0	logfile
✘	6VM3	21237	2023-05-06	2020-01-27	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15180	1810	15	0	15	0	0	logfile
✘	6CFW	7468	2023-05-08	2018-02-17	3.7	3.82	—	3.8	0.010	1.27	1.0	0.07	12.05	0.01	1.968	4.52	1.60	10.7	89.0	0.4	-4.93	0.70	0.86	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19589	2530	17	0	4	0	0	logfile
✘	7DXE	30906	2023-05-09	2021-01-18	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22280	2740	8	0	20	0	0	logfile
✘	7DXG	30908	2023-05-09	2021-01-18	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23432	2792	8	0	40	0	0	logfile
✘	8H0X	34417	2023-05-10	2022-09-30	2.57	2.80	2.62	2.7	0.008	0.93	0.0	0.06	12.74	0.01	2.257	1.76	1.11	3.3	96.7	0.0	-0.82	0.81	0.86	3.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25122	3117	6	0	48	0	0	logfile
✘	7CZS	30515	2023-05-14	2020-09-09	3.6	3.71	—	3.6	0.013	1.30	8.0	0.09	17.82	0.01	1.914	35.67	12.67	11.5	84.4	4.1	-4.03	0.57	0.66	1.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34321	4310	32	0	71	0	0	logfile
✘	6VM0	21234	2023-05-06	2020-01-27	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15355	1815	15	0	20	0	0	logfile
✘	6F0K	4165	2023-05-16	2017-11-20	3.87	3.98	—	3.9	0.022	1.29	0.0	0.14	11.89	0.01	1.943	8.80	0.00	14.2	85.8	0.0	-5.22	0.65	0.72	1.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39868	2504	10	0	10	0	19577	logfile
✘	7SQ9	25380	2023-05-07	2021-11-04	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15810	1876	16	0	18	16	0	logfile
✘	6VM2	21236	2023-05-06	2020-01-27	3.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15355	1815	15	0	20	0	0	logfile
✘	6QS8	4627	2023-05-12	2019-02-20	3.9	4.01	3.80	3.9	0.011	1.05	0.0	0.06	10.42	0.01	2.018	5.95	0.17	6.7	93.3	0.0	-3.91	0.75	0.76	2.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28875	3603	13	0	43	0	0	logfile
✘	7RJE	24486	2023-05-04	2021-07-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	57232	3818	24	0	10	0	27924	logfile
✘	7SQ7	25378	2023-05-06	2021-11-04	2.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15305	1852	16	0	13	8	0	logfile
✘	6PSW	20466	2023-05-13	2019-07-13	3.7	3.46	—	3.5	0.008	0.89	0.0	0.05	18.69	0.00	1.987	42.40	0.40	11.4	88.4	0.2	-4.03	0.69	0.78	1.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32695	3831	13	124	6	0	0	logfile