Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6ZJi	11234	2023-05-05	2020-06-29	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8CUY	27002	2023-05-06	2022-05-17	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14945	1944	6	0	5	104	0	logfile
✘	6GiQ	0004	2023-05-17	2018-05-15	3.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44120	5439	42	0	57	0	0	logfile
✘	7P3W	13186	2023-05-15	2021-07-08	4.3	5.72	—	4.5	0.006	0.87	3.0	0.05	13.88	0.00	2.074	27.29	0.05	6.3	93.7	0.0	-0.91	0.87	0.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37149	4900	26	0	8	0	0	logfile
✘	8AC2	15331	2023-05-10	2022-07-05	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25611	3184	8	36	3	0	0	logfile
✘	7RR8	24655	2023-05-10	2021-08-09	3.51	3.20	3.53	3.1	0.005	0.79	3.0	0.05	14.25	0.00	2.213	7.81	0.12	2.9	97.1	0.0	0.59	0.75	0.85	3.21	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23929	3075	6	0	26	0	0	logfile
✘	7XDK	33150	2023-05-16	2022-03-27	3.2	3.46	3.27	3.4	0.004	0.57	0.0	0.05	13.57	0.00	2.200	6.88	0.12	4.0	96.0	0.0	-0.52	0.77	0.82	2.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39000	4995	30	0	36	0	0	logfile
✘	7S60	24845	2023-05-09	2021-09-12	3.7	4.13	—	4.0	0.009	1.42	3.0	0.07	16.05	0.01	2.157	3.93	1.35	5.3	94.6	0.1	-5.53	0.65	0.83	1.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21086	2679	5	0	4	0	0	logfile
✘	6RJA	4901	2023-05-08	2019-04-26	3.0	3.11	—	3.1	0.005	0.86	0.0	0.05	14.79	0.01	2.314	2.75	0.23	5.8	94.2	0.0	-3.51	0.64	0.81	2.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20372	1996	8	194	0	0	0	logfile
✘	7Z31	14470	2023-05-16	2022-03-01	2.76	2.15	—	2.1	0.006	0.70	0.0	0.05	15.67	0.01	1.998	13.10	6.49	7.1	92.9	0.1	-1.15	0.55	0.75	3.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40156	5040	25	0	29	1	0	logfile
✘	7UT9	26763	2023-05-08	2022-04-26	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20243	2538	18	0	13	60	0	logfile
✘	6iD1	9647	2023-05-12	2018-09-07	2.86	2.99	—	3.0	0.009	1.35	22.0	0.10	14.71	0.01	1.603	16.93	3.66	6.6	92.5	0.9	-2.72	0.61	0.64	2.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	79882	10720	49	399	16	0	0	logfile
✘	7P06	13145	2023-05-09	2021-06-29	3.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21476	1350	1	0	3	0	10638	logfile
✘	7S5Y	24843	2023-05-09	2021-09-12	3.9	4.28	—	4.1	0.010	1.48	4.0	0.08	17.61	0.01	2.160	5.99	7.41	5.3	94.7	0.1	-5.12	0.64	0.81	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21106	2686	5	0	4	0	0	logfile
✘	8CV1	27005	2023-05-06	2022-05-17	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14771	1939	6	0	2	7	0	logfile
✘	7ToP	26034	2023-05-08	2022-01-24	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	8DPN	27639	2023-05-07	2022-07-15	2.49	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16067	1998	12	0	8	40	0	logfile
✘	6DR2	7988	2023-05-13	2018-06-11	4.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	139084	8764	8	0	12	0	69544	logfile
✘	8HGo	34744	2023-05-04	2022-11-15	3.31	2.35	3.32	2.2	0.004	0.71	0.0	0.05	7.94	0.01	2.284	4.45	0.00	8.0	91.8	0.2	-3.74	0.71	0.68	2.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9227	1178	6	0	8	0	0	logfile
✘	6RWN	10043	2023-05-07	2019-06-05	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18346	2076	26	86	16	8	0	logfile

• ← previous
• Page 3 of 55
• next →