Table showing results for October 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7Y8A	33683	2023-10-02	2022-06-23	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53404	4518	49	0	502	0	0	logfile
✘	5X1G	6701	2023-10-02	2017-01-25	4.5	7.89	—	37.0	0.008	1.42	0.0	0.05	10.05	0.01	2.345	27.78	0.00	6.9	93.1	0.0	-2.75	0.00	0.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	155	31	1	0	0	0	0	logfile
✘	8HJ9	34835	2023-10-02	2022-11-22	3.12	3.29	3.00	3.2	0.004	0.65	0.0	0.04	15.54	0.00	2.234	10.94	0.00	2.7	97.3	0.0	1.80	0.43	0.76	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3274	416	1	0	1	0	0	logfile
✘	7ZR8	14886	2023-10-02	2022-05-03	3.7	3.81	3.43	3.8	0.003	0.46	0.0	0.04	8.45	0.00	2.181	7.02	0.74	3.9	96.1	0.0	-0.94	0.72	0.82	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3693	471	4	0	1	0	0	logfile
✘	6SG9	10175	2023-10-02	2019-08-03	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	104694	11989	60	146	837	3	0	logfile
✘	6UKN	20807	2023-10-02	2019-10-05	3.65	3.85	—	3.8	0.005	0.83	0.0	0.05	13.77	0.01	2.280	4.10	0.47	7.7	92.3	0.0	-2.59	0.70	0.82	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4109	536	4	0	8	0	0	logfile
✘	7FiL	31602	2023-10-02	2021-07-31	3.0	2.84	—	3.6	0.008	1.05	2.0	0.06	18.46	0.01	2.213	19.35	8.76	7.7	91.1	1.2	-1.82	0.71	0.75	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3993	504	1	0	0	0	0	logfile
✘	6PoD	20412	2023-10-02	2019-07-03	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53637	3427	20	0	25	0	26898	logfile
✘	6Po1	20406	2023-10-02	2019-07-03	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53244	3407	20	0	18	0	26717	logfile
✘	7SWP	25478	2023-10-02	2021-11-20	3.8	3.74	—	4.0	0.008	0.92	0.0	0.05	12.87	0.01	2.202	40.14	0.00	12.1	87.9	0.0	-2.17	0.51	0.71	1.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3372	436	3	0	0	0	0	logfile
✘	7UNC	26620	2023-10-02	2022-04-10	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	105726	7924	38	311	9	0	48096	logfile
✘	7UL4	26591	2023-10-02	2022-04-03	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2524	351	3	0	1	4	0	logfile
✘	8SL0	40570	2023-10-02	2023-04-20	3.3	4.17	3.09	3.8	0.003	0.62	0.0	0.05	16.00	0.00	2.201	7.96	0.00	8.4	91.2	0.4	-1.67	0.42	0.83	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1737	228	1	0	0	0	0	logfile
✘	6RDZ	4836	2023-10-02	2019-04-12	3.5	3.36	—	3.4	0.009	0.96	1.0	0.06	14.94	0.01	1.846	6.04	0.43	5.4	94.4	0.2	-4.22	0.69	0.82	2.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53720	7099	37	0	11	0	0	logfile
✘	7WRL	32732	2023-10-02	2022-01-27	3.51	3.69	—	3.6	0.006	1.03	0.0	0.06	14.71	0.01	2.289	5.84	0.00	13.4	86.6	0.0	-4.19	0.64	0.78	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3251	419	3	0	0	0	0	logfile
✘	5A7U	3079	2023-10-02	2015-07-10	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	455	27	1	0	1	0	231	logfile
✘	8DLY	27520	2023-10-02	2022-07-08	3.0	3.63	2.92	3.6	0.005	0.94	0.0	0.06	12.37	0.01	2.317	1.86	0.37	3.5	96.5	0.0	-1.46	0.63	0.81	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	2483	314	3	0	1	0	0	logfile
✘	8FAZ	28961	2023-10-03	2022-11-29	2.3	2.71	2.34	3.1	0.004	0.62	0.0	0.04	10.77	0.00	1.986	10.57	0.50	2.7	97.3	0.0	0.35	0.83	0.81	3.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7331	926	7	0	5	0	0	logfile
✘	6JRR	9879	2023-10-03	2019-04-05	3.9	4.09	—	3.9	0.010	1.14	4.0	0.06	15.90	0.01	1.827	8.44	0.80	10.2	89.5	0.2	-5.20	0.76	0.81	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	109132	14268	12	0	16	0	0	logfile
✘	7WPB	32681	2023-10-03	2022-01-23	2.79	2.94	—	2.9	0.005	0.74	0.0	0.05	15.22	0.01	2.101	3.78	0.29	3.0	97.0	0.0	-4.67	0.68	0.86	4.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6491	793	2	0	5	0	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 58
• next →