cryo-EM Re-Refine

Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D₉₉	D_FSC	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CC_box	CC_mask	EMRinger	D_Model	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CC_box	CC_mask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6T0N	10356	2023-05-06	2019-10-03	2.54	2.64	2.56	2.6	0.005	0.69	0.0	0.05	14.69	0.01	2.105	3.18	4.90	4.3	95.4	0.2	-2.43	0.73	0.89	4.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14598	1703	12	29	2	268	0	logfile
✘	6TF9	10491	2023-05-06	2019-11-13	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6TM2	10517	2023-05-03	2019-12-03	2.95	3.12	—	3.1	0.008	1.01	0.0	0.06	9.31	0.01	2.181	3.02	0.10	11.3	88.7	0.0	-4.14	0.44	0.47	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	55254	7230	60	0	54	138	0	logfile
✘	6TM5	10518	2023-05-05	2019-12-03	3.9	4.07	—	4.1	0.010	1.11	0.0	0.05	15.92	0.01	1.619	28.83	0.76	11.9	87.8	0.3	-4.46	0.36	0.48	0.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63885	8117	23	0	3	0	0	logfile
✘	6TRA	10557	2023-05-10	2019-12-18	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25197	2283	33	0	134	217	0	logfile
✘	6TRC	10558	2023-05-11	2019-12-18	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	75591	6849	99	0	402	651	0	logfile
✘	6TRD	10559	2023-05-11	2019-12-18	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	74991	6849	84	0	402	51	0	logfile
✘	6XWR	10636	2023-05-04	2020-01-24	3.22	3.96	—	3.7	0.008	0.75	0.0	0.05	12.81	0.00	2.122	11.13	0.00	5.7	94.3	0.0	-2.71	0.74	0.85	2.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9564	1278	3	0	0	0	0	logfile
✘	6XZD	10659	2023-05-05	2020-02-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZG	10662	2023-05-06	2020-02-04	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZP	10664	2023-05-06	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6XZR	10666	2023-05-06	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6Y5A	10692	2023-05-13	2020-02-25	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32403	1940	10	0	5	0	16272	logfile
✘	6Y5D	10694	2023-05-12	2020-02-25	4.1	5.00	—	4.0	0.013	1.23	0.0	0.07	25.87	0.01	2.251	1.31	0.11	2.0	97.9	0.1	0.59	0.86	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30372	2218	31	612	11	0	0	logfile
✘	6Y5R	10703	2023-05-06	2020-02-25	3.76	3.87	3.73	3.8	0.004	0.64	0.0	0.04	11.47	0.00	2.147	7.90	0.07	4.4	95.6	0.0	-2.26	0.68	0.85	2.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13592	1758	6	0	8	0	0	logfile
✘	6YAC	10746	2023-05-15	2020-03-12	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38469	3332	45	0	243	56	0	logfile
✘	6YBP	10770	2023-05-15	2020-03-17	3.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36410	4702	24	0	12	0	0	logfile
✘	6YBQ	10771	2023-05-14	2020-03-17	1.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	34092	4289	36	0	12	871	0	logfile
✘	6YEF	10791	2023-05-15	2020-03-24	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	141837	5351	60	4639	288	0	0	logfile
✘	6YEZ	10798	2023-05-16	2020-03-25	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39217	3438	35	0	244	2	0	logfile