Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6LY5	30012	2023-05-13	2020-02-13	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	81344	6510	76	0	723	153	0	logfile
✘	5GJQ	9511	2023-05-16	2016-07-01	4.35	4.02	—	3.8	0.016	1.83	29.0	0.09	16.70	0.01	1.073	47.82	10.02	11.3	84.5	4.2	-4.17	0.79	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	98461	13520	54	0	6	0	0	logfile
✘	6ZZY	11589	2023-05-03	2020-08-05	3.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54609	4594	44	0	379	0	0	logfile
✘	8APD	15566	2023-05-10	2022-08-09	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	126495	7873	60	0	36	0	62392	logfile
✘	7WS3	32742	2023-05-12	2022-01-28	3.6	4.00	—	3.8	0.004	0.65	0.0	0.05	13.11	0.00	2.202	7.83	0.03	3.2	96.8	0.0	-0.92	0.80	0.76	2.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30215	3811	27	0	54	0	0	logfile
✘	7AA5	11690	2023-05-08	2020-09-03	4.18	4.64	—	4.4	0.006	0.92	2.0	0.04	14.67	0.00	2.119	21.41	2.04	15.1	84.7	0.2	-4.78	0.69	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19705	2448	5	0	1	0	8	logfile
✘	7UT7	26757	2023-05-07	2022-04-26	1.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16442	1998	12	0	8	415	0	logfile
✘	8D7R	27231	2023-05-04	2022-06-07	3.9	4.13	3.91	4.0	0.003	0.54	0.0	0.04	11.99	0.00	2.345	5.62	0.00	8.1	91.9	0.0	-3.25	0.60	0.56	0.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9627	1167	12	0	16	0	0	logfile
✘	7ZGK	14708	2023-05-06	2022-04-03	3.59	4.63	3.57	3.7	0.002	0.45	0.0	0.04	13.81	0.00	0.454	5.10	0.46	2.2	97.6	0.2	1.65	0.73	0.55	1.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13639	1723	3	0	0	0	0	logfile
✘	5GoA	9529	2023-05-17	2016-07-26	4.2	4.52	—	4.2	0.022	1.86	60.0	0.12	12.40	0.01	1.505	7.29	1.03	8.5	90.9	0.7	-4.96	0.81	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	105072	13692	8	0	4	0	0	logfile
✘	6QC4	4496	2023-05-16	2018-12-26	4.6	4.73	4.64	4.6	0.006	1.11	0.0	0.85	11.18	0.01	1.949	7.33	0.38	10.8	89.0	0.1	-3.76	0.73	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	96705	12008	81	0	85	0	0	logfile
✘	7E1W	30944	2023-05-16	2021-02-03	2.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42695	5132	35	0	59	1	0	logfile
✘	7E1X	30945	2023-05-16	2021-02-03	2.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42679	5132	34	0	59	0	0	logfile
✘	7E1V	30943	2023-05-16	2021-02-03	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	42279	5122	34	0	59	0	0	logfile
✘	5VFR	8665	2023-05-16	2017-04-09	4.9	5.02	—	4.8	0.006	1.24	5.0	0.07	11.75	0.01	2.042	10.70	0.74	9.6	89.8	0.6	-4.40	0.71	0.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	99908	12868	51	0	5	0	0	logfile
✘	5GJR	9512	2023-05-16	2016-07-01	3.5	3.65	—	3.5	0.013	1.53	38.0	0.08	16.77	0.01	1.114	63.72	11.56	13.2	81.8	5.0	-4.66	0.71	0.77	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	142753	19945	76	0	12	0	0	logfile
✘	7ZK5	14755	2023-05-04	2022-04-12	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9435	1177	1	0	10	33	0	logfile
✘	5Go9	9528	2023-05-17	2016-07-26	4.4	4.59	—	4.4	0.020	1.79	36.0	0.11	12.27	0.01	2.185	7.55	0.88	8.7	90.7	0.6	-4.90	0.78	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	105068	13692	8	0	4	0	0	logfile
✘	7RBU	24402	2023-05-03	2021-07-06	3.7	2.38	—	2.2	0.006	0.80	0.0	0.05	12.53	0.00	2.167	6.95	0.00	9.1	90.7	0.2	-2.50	0.74	0.77	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4107	510	6	0	7	0	0	logfile
✘	8AVV	15684	2023-05-03	2022-08-27	3.4	3.53	3.39	3.5	0.008	1.38	0.0	0.08	18.27	0.01	2.580	1.80	5.03	4.7	95.1	0.2	-3.08	0.76	0.87	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7794	1010	4	0	2	0	0	logfile

• ← previous
• Page 4 of 55
• next →