Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7TU5	26126	2023-05-15	2022-02-02	2.1	1.97	2.06	1.8	0.009	0.85	6.0	0.06	15.88	0.01	1.910	4.33	1.54	1.4	98.6	0.0	0.64	0.84	0.82	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19656	2574	18	0	6	6	0	logfile
✘	7SQ9	25380	2023-05-07	2021-11-04	2.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15810	1876	16	0	18	16	0	logfile
✘	7TF7	25864	2023-05-16	2022-01-06	2.13	2.24	—	2.2	0.004	0.61	0.0	0.04	15.42	0.00	2.187	5.57	1.43	2.5	97.4	0.1	1.01	0.47	0.70	5.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39976	4980	12	0	0	0	0	logfile
✘	7JFo	22308	2023-05-16	2020-07-17	2.13	2.12	—	2.1	0.022	1.67	2.0	0.11	12.07	0.01	2.198	6.71	1.23	3.9	96.1	0.0	-0.96	0.72	0.78	6.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38958	4832	40	0	0	1198	0	logfile
✘	8ENM	28273	2023-05-07	2022-09-30	2.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17722	1999	12	0	8	1693	0	logfile
✘	8DLW	27518	2023-05-12	2022-07-08	2.16	3.12	2.26	2.6	0.007	1.05	0.0	0.06	11.12	0.01	2.290	1.95	0.19	2.3	97.7	0.1	0.82	0.87	0.86	4.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30267	3768	33	0	78	0	0	logfile
✘	7oF0	12865	2023-05-16	2021-05-04	2.2	3.01	2.23	2.8	0.005	0.59	0.0	0.04	14.90	0.00	1.851	7.32	0.08	2.7	97.3	0.0	1.19	0.86	0.87	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	99476	8446	62	1432	64	0	0	logfile
✘	7W9K	32368	2023-05-06	2021-12-09	2.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14933	1705	9	0	43	9	0	logfile
✘	7Q3L	13793	2023-05-08	2021-10-28	2.21	2.93	2.31	2.6	0.008	1.50	26.0	0.12	15.22	0.01	1.876	2.99	2.50	3.2	96.8	0.0	-1.25	0.81	0.86	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20470	2440	16	41	4	180	0	logfile
✘	7VZR	32229	2023-05-09	2021-11-16	2.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21354	2266	22	0	117	6	0	logfile
✘	7SA3	24943	2023-05-07	2021-09-22	2.25	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15960	1644	19	0	79	230	0	logfile
✘	7P13	13154	2023-05-06	2021-07-01	2.29	1.96	2.28	1.7	0.016	1.06	0.0	0.07	14.07	0.01	2.430	5.24	0.00	3.3	96.7	0.0	2.06	0.82	0.87	4.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13727	1743	7	0	0	0	154	logfile
✘	6ZK9	11241	2023-05-12	2020-06-30	2.3	2.55	—	2.4	0.008	1.05	0.0	1.58	10.47	0.01	2.257	5.07	0.07	3.2	96.8	0.0	-2.52	0.78	0.92	6.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29587	3480	45	0	19	1472	0	logfile
✘	7MBQ	23741	2023-05-13	2021-04-01	2.3	3.00	—	2.6	0.003	0.59	0.0	0.04	15.27	0.01	2.246	6.69	0.58	3.9	96.0	0.1	1.80	0.80	0.88	3.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30616	3984	12	0	20	16	0	logfile
✘	8A57	15161	2023-05-15	2022-06-14	2.3	1.87	2.34	2.1	0.011	1.72	2.0	0.12	15.42	0.02	1.972	3.26	2.49	7.1	91.7	1.2	-3.32	0.61	0.75	3.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	92760	3527	39	3022	167	0	0	logfile
✘	7ZQC	14870	2023-05-17	2022-04-29	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	82030	4165	39	0	351	621	31531	logfile
✘	8G6X	29787	2023-05-15	2023-02-16	2.31	1.96	2.20	2.0	0.011	0.99	0.0	0.06	15.24	0.03	1.474	7.58	5.85	4.1	95.8	0.2	-2.02	0.68	0.83	5.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	93873	3177	72	3037	252	3462	0	logfile
✘	8EAL	27980	2023-05-12	2022-08-29	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	28500	3534	18	11	16	15	0	logfile
✘	8BE0	15996	2023-05-15	2022-10-20	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36361	2179	14	41	6	95	17924	logfile
✘	6KMW	0726	2023-05-05	2019-08-01	2.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64083	5739	63	0	366	627	0	logfile

• ← previous
• Page 2 of 55
• next →