Table showing results for July 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8SL0	40570	2023-07-03	2023-04-20	3.3	4.17	3.09	3.8	0.003	0.62	0.0	0.05	16.00	0.00	2.201	7.96	0.00	8.4	91.2	0.4	-1.67	0.42	0.83	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1737	228	1	0	0	0	0	logfile
✘	8J4F	35975	2023-07-06	2023-04-19	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12419	1446	7	0	30	0	0	logfile
✘	8J18	35913	2023-07-04	2023-04-12	2.89	3.40	3.16	3.3	0.004	0.71	0.0	0.05	15.92	0.00	2.181	6.45	1.26	4.0	96.0	0.0	-0.18	0.56	0.78	3.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8860	1137	6	0	1	0	0	logfile
✘	8oiT	16899	2023-07-06	2023-03-23	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	113095	9412	79	1704	265	0	0	logfile
✘	8oiS	16898	2023-07-11	2023-03-23	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72671	6150	48	1034	173	3	0	logfile
✘	8oiP	16895	2023-07-11	2023-03-23	3.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	72369	6162	47	1041	144	3	0	logfile
✘	8GFA	29983	2023-07-17	2023-03-07	2.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36679	2124	12	0	46	105	17380	logfile
✘	8CL3	16711	2023-07-06	2023-02-16	3.14	3.51	3.07	3.5	0.005	0.97	0.0	0.13	12.73	0.01	0.985	10.68	0.00	0.9	99.1	0.0	-1.02	0.59	0.70	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	1.66	—	—	—	2.74	10272	1350	12	0	0	0	0	logfile
✘	8G3V	29710	2023-07-09	2023-02-08	2.2	2.84	2.21	2.7	0.014	1.61	4.0	0.09	13.68	0.01	2.257	0.54	0.00	3.9	95.8	0.3	-0.74	0.83	0.93	6.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20045	2500	28	0	61	0	0	logfile
✘	8G1F	29669	2023-07-15	2023-02-02	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32911	4148	12	0	22	253	0	logfile
✘	8G1E	29668	2023-07-15	2023-02-02	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	32649	4148	12	0	18	90	0	logfile
✘	8i6S	35205	2023-07-04	2023-01-29	4.4	4.82	4.39	4.4	0.006	1.39	2.0	0.06	15.97	0.01	2.073	4.55	0.97	4.1	95.7	0.2	-5.18	0.73	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8641	1125	7	0	4	0	0	logfile
✘	8i5X	35197	2023-07-07	2023-01-26	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13590	1565	8	0	35	0	0	logfile
✘	8i5Y	35198	2023-07-07	2023-01-26	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13617	1565	9	0	39	6	0	logfile
✘	8i5G	35194	2023-07-06	2023-01-25	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13389	1565	8	0	29	5	0	logfile
✘	8i5B	35193	2023-07-07	2023-01-24	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13440	1563	8	0	30	0	0	logfile
✘	8C95	16502	2023-07-18	2023-01-21	4.92	6.10	5.53	4.8	0.002	0.42	0.0	0.03	14.45	0.00	1.886	8.94	0.09	5.1	94.9	0.0	0.20	0.84	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40172	1460	16	1339	0	0	0	logfile
✘	8C8Q	16491	2023-07-07	2023-01-20	3.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14787	1798	17	0	37	0	0	logfile
✘	8FPJ	29366	2023-07-12	2023-01-04	2.74	2.94	2.78	3.0	0.004	0.69	0.0	0.04	14.26	0.00	2.008	5.89	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.24	0.69	0.82	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25960	1596	6	0	1	0	13143	logfile
✘	8FoA	29343	2023-07-10	2022-12-30	2.66	2.96	2.81	2.9	0.023	1.52	0.0	0.53	17.58	0.01	2.298	7.30	0.42	5.2	94.7	0.0	-5.28	0.66	0.84	4.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21287	2448	8	0	53	0	0	logfile

• Page 1 of 48
• next →