Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6o7K	0643	2024-09-25	2019-03-08	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.76	—	—	—	4.1	0.008	0.77	0.0	0.04	22.50	0.01	2.095	19.34	0.00	8.1	91.4	0.5	-1.78	—	0.90	0.84	—	57748	2934	25	1622	0	0	0	logfile
✘	6V6B	21067	2024-09-25	2019-12-04	3.8	3.96	—	3.9	0.005	0.55	0.0	0.04	14.36	0.00	2.211	5.33	0.00	5.1	94.9	0.0	-5.29	0.54	0.84	1.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9115	1111	2	0	0	0	0	logfile
✘	7S9V	24938	2024-09-26	2021-09-21	3.3	3.25	—	3.4	0.007	0.86	0.0	0.05	13.96	0.01	2.257	2.04	0.00	5.1	94.9	0.0	-1.75	0.83	0.82	2.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14286	1825	3	0	1	0	0	logfile
✘	7P1H	13159	2024-09-26	2021-07-01	3.9	4.12	—	3.9	0.005	1.01	0.0	0.05	14.38	0.01	2.016	12.38	0.00	5.7	94.3	0.0	-1.60	0.81	0.60	0.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13966	898	4	0	2	0	6926	logfile
✘	7X76	33033	2024-09-27	2022-03-09	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64334	3793	18	168	15	0	31436	logfile
✘	7Y5A	33614	2024-09-30	2022-06-16	3.5	4.25	3.40	3.6	0.003	0.60	0.0	0.04	15.01	0.00	1.986	6.54	0.04	2.7	97.3	0.0	0.45	0.90	0.85	1.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23975	3164	12	0	10	0	0	logfile
✘	5GW4	9540	2024-09-27	2016-09-08	4.7	4.89	—	4.8	0.001	0.42	0.0	0.04	7.26	0.00	2.187	6.49	0.00	4.3	95.6	0.1	-3.58	0.77	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64544	8446	16	0	0	0	0	logfile
✘	6PZA	20530	2024-09-25	2019-07-31	3.74	3.92	—	3.9	0.008	1.06	0.0	0.06	11.13	0.01	2.252	3.22	0.00	8.0	92.0	0.0	-4.29	0.51	0.50	0.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9659	1441	3	0	2	0	0	logfile
✘	5GW5	9541	2024-09-26	2016-09-08	4.6	4.75	—	4.7	0.002	0.58	0.0	0.04	7.37	0.00	2.136	6.87	0.01	4.5	95.4	0.1	-3.73	0.74	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64544	8446	16	0	0	0	0	logfile
✘	7EWL	31351	2024-09-26	2021-05-25	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13784	994	2	0	0	0	6756	logfile
✘	6HZ5	0311	2024-09-28	2018-10-22	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67654	4120	26	6	12	0	33440	logfile
✘	6HZ9	0315	2024-09-28	2018-10-22	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67654	4120	26	6	12	0	33440	logfile
✘	6HZ6	0312	2024-09-28	2018-10-22	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67654	4120	26	6	12	0	33440	logfile
✘	6HZ7	0313	2024-09-28	2018-10-22	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	67654	4120	26	6	12	0	33440	logfile
✘	6UEN	20754	2024-09-26	2019-09-22	3.67	3.75	—	3.7	0.006	0.65	0.0	0.04	14.23	0.00	2.112	9.04	0.13	4.6	95.4	0.0	-2.28	0.73	0.83	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13705	1696	5	0	0	0	0	logfile
✘	7MR3	23955	2024-09-29	2021-05-07	3.6	4.01	—	3.9	0.005	0.83	0.0	0.05	16.47	0.01	2.250	5.33	0.00	6.5	93.5	0.0	-1.62	0.83	0.82	1.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23615	2854	5	40	0	0	0	logfile
✘	6K0A	30036	2024-09-29	2019-05-05	4.6	4.81	—	4.5	0.003	0.70	0.0	0.04	22.49	0.01	2.316	2.94	0.83	5.3	94.7	0.0	-4.65	0.80	0.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22276	1364	14	516	2	0	0	logfile
✘	8DBE	27281	2024-09-27	2022-06-14	2.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14982	1896	18	0	30	42	0	logfile
✘	7KY9	23072	2024-09-25	2020-12-07	4.05	4.67	—	4.5	0.004	1.14	0.0	0.05	14.17	0.00	2.206	15.79	0.00	8.3	91.7	0.0	-1.25	0.67	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10354	1275	7	0	14	0	0	logfile
✘	6V3E	21034	2024-09-24	2019-11-25	4.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	50850	2311	20	1528	0	0	0	logfile

• Page 1 of 34
• next →