Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6o7K	0643	2024-09-25	2019-03-08	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.76	—	—	—	4.1	0.008	0.77	0.0	0.04	22.50	0.01	2.095	19.34	0.00	8.1	91.4	0.5	-1.78	—	0.90	0.84	—	57748	2934	25	1622	0	0	0	logfile
✘	7YHP	33835	2024-09-23	2022-07-14	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3815	374	4	38	1	0	0	logfile
✘	6PVK	20491	2024-09-26	2019-07-20	3.4	3.47	—	3.4	0.010	1.03	5.0	0.05	25.56	0.01	1.370	14.08	6.50	10.3	88.7	1.0	-4.94	0.69	0.69	1.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60554	1791	18	2169	0	2	0	logfile
✘	6N9X	0382	2024-09-28	2018-12-04	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19658	2419	14	31	12	0	0	logfile
✘	7UGN	26490	2024-09-30	2022-03-25	3.4	3.60	3.35	3.4	0.004	0.65	0.0	0.19	15.93	0.01	0.844	6.76	0.11	4.5	95.5	0.0	-3.47	0.83	0.84	2.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25698	3150	49	0	87	0	0	logfile
✘	8A8E	15230	2024-09-25	2022-06-22	2.9	2.76	2.92	2.7	0.005	0.79	0.0	0.05	15.95	0.01	2.353	4.32	2.81	7.0	93.0	0.0	-2.84	0.78	0.83	3.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56568	7248	24	0	0	0	0	logfile
✘	8ooU	17031	2024-09-26	2023-04-06	2.9	3.00	2.93	2.9	0.021	1.03	0.0	0.04	14.49	0.00	2.203	9.12	0.00	2.4	97.6	0.0	0.71	0.80	0.85	3.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	61800	7560	22	140	0	0	0	logfile
✘	8DL7	27498	2024-09-24	2022-07-07	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6586	909	9	0	4	1	0	logfile
✘	5NUG	3698	2024-09-23	2017-04-30	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	46232	5840	4	0	10	0	0	logfile
✘	7ZHJ	14733	2024-09-29	2022-04-06	3.53	3.10	3.39	3.3	0.003	0.55	0.0	0.04	13.02	0.00	2.151	8.47	0.04	3.6	96.4	0.0	-1.71	0.73	0.78	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	74346	9528	33	0	0	0	0	logfile
✘	6TNZ	10540	2024-09-29	2019-12-10	4.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22008	2705	11	50	3	0	0	logfile
✘	5ZCS	6913	2024-09-24	2018-02-20	4.9	5.50	—	6.9	0.003	0.77	0.0	0.05	9.66	0.01	2.281	3.31	0.05	5.6	94.3	0.1	-5.28	0.85	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	49176	6644	10	0	278	0	0	logfile
✘	7RGM	24452	2024-09-26	2021-07-15	2.8	2.86	—	2.9	0.014	1.69	0.0	0.08	17.17	0.01	2.328	1.94	3.63	5.2	94.6	0.3	-1.77	0.62	0.86	3.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59928	3872	16	0	32	0	29736	logfile
✘	6Y7C	10713	2024-09-30	2020-02-28	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	79690	5381	34	1735	0	0	0	logfile
✘	6KXS	0782	2024-09-29	2019-09-12	3.4	3.50	—	3.4	0.018	1.44	0.0	0.09	15.96	0.01	2.157	9.00	3.30	15.2	84.4	0.4	-4.73	0.70	0.72	2.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22499	2869	23	0	12	0	0	logfile
✘	6ZUo	11440	2024-09-29	2020-07-23	3.1	3.60	—	3.2	0.008	1.11	0.0	0.06	21.89	0.01	2.204	6.23	0.40	5.7	94.2	0.1	-4.11	0.67	0.80	1.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	77098	5217	38	1665	3	0	0	logfile
✘	7XG2	33183	2024-09-28	2022-04-02	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19904	2282	12	118	1	0	0	logfile
✘	6UKN	20807	2024-09-23	2019-10-05	3.65	3.85	—	3.8	0.005	0.83	0.0	0.05	20.63	0.01	2.280	4.10	0.47	7.7	92.3	0.0	-2.59	0.70	0.82	2.20	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4109	536	4	0	8	0	0	logfile
✘	6R94	4768	2024-09-29	2019-04-02	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22443	803	10	290	0	0	10071	logfile
✘	8RK5	19260	2024-09-26	2023-12-23	4.54	3.79	4.58	3.8	0.003	0.67	0.0	0.04	12.15	0.01	0.400	21.86	0.00	4.5	95.5	0.0	-1.01	0.67	0.44	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14424	1866	6	0	0	0	0	logfile

• Page 1 of 34
• next →