Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8SL8	40575	2024-09-28	2023-04-21	4.2	4.52	4.23	4.2	0.004	0.68	0.0	0.04	10.98	0.00	2.201	10.62	0.00	3.6	96.4	0.0	-0.88	0.65	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19688	3152	4	0	0	0	0	logfile
✘	8Y2E	38852	2024-09-23	2024-01-25	3.03	3.33	3.15	3.3	0.005	0.61	0.0	0.04	17.53	0.00	2.283	3.56	0.00	4.4	95.6	0.0	1.57	0.65	0.86	3.39	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4214	528	2	0	3	0	0	logfile
✘	8K9K	36989	2024-09-24	2023-08-01	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8923	1142	8	0	2	0	0	logfile
✘	8XUS	38682	2024-09-30	2024-01-14	3.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25713	3189	6	0	55	0	0	logfile
✘	8QPE	18548	2024-09-25	2023-10-01	3.1	3.23	3.01	3.0	0.002	0.47	0.0	0.11	15.70	0.00	2.202	8.57	0.00	1.9	98.1	0.0	1.39	0.69	0.83	2.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54566	6251	21	236	1	0	0	logfile
✘	8Y7Y	39026	2024-09-24	2024-02-05	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6860	861	13	0	27	0	0	logfile
✘	8RCF	19051	2024-09-28	2023-12-06	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20202	2488	18	46	24	0	0	logfile
✘	8X8N	38150	2024-09-27	2023-11-27	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17358	1133	7	0	2	0	8589	logfile
✘	8ZYD	60562	2024-09-24	2024-06-17	3.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7058	728	6	73	2	0	0	logfile
✘	8VKE	43315	2024-09-24	2024-01-09	3.1	3.35	3.10	3.3	0.003	0.59	0.0	0.04	14.19	0.00	2.103	5.82	0.14	2.6	97.4	0.0	-0.05	0.77	0.85	4.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6652	854	8	0	2	0	0	logfile
✘	8V5R	42984	2024-09-27	2023-11-30	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15338	1743	6	43	1	0	0	logfile
✘	8RCD	19050	2024-09-28	2023-12-06	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19680	2480	17	23	24	0	0	logfile
✘	8RKV	19284	2024-09-27	2023-12-30	3.11	3.27	3.12	3.2	0.006	0.95	0.0	0.06	22.22	0.01	2.013	5.40	1.94	6.0	94.0	0.0	-1.75	0.59	0.67	2.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16466	1600	12	176	2	0	0	logfile
✘	8SNL	40628	2024-09-25	2023-04-27	2.78	3.35	2.84	3.3	0.004	0.73	0.0	0.05	13.03	0.01	2.183	10.77	0.00	5.7	94.3	0.0	-0.70	0.61	0.78	3.63	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9098	1147	3	0	2	0	0	logfile
✘	8XQ9	38570	2024-09-25	2024-01-04	3.77	2.79	3.79	2.7	0.003	0.71	0.0	0.04	14.17	0.01	2.293	4.12	4.48	2.1	97.9	0.0	-1.10	0.68	0.71	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10672	1366	2	0	0	0	0	logfile
✘	8Y8B	39040	2024-09-24	2024-02-06	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7303	902	14	0	26	0	0	logfile
✘	8XUT	38683	2024-09-30	2024-01-14	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25149	3126	6	0	49	0	0	logfile
✘	9BAQ	44411	2024-09-25	2024-04-04	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9733	1154	9	36	1	0	0	logfile
✘	8XB4	38210	2024-09-23	2023-12-05	2.92	3.16	2.96	3.2	0.005	0.61	0.0	0.04	14.47	0.00	2.258	7.33	0.00	1.9	98.1	0.0	-1.88	0.61	0.81	3.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4307	536	2	0	1	0	0	logfile
✘	9F43	50182	2024-09-24	2024-04-26	3.49	3.69	3.45	3.7	0.002	0.49	0.0	0.04	14.27	0.00	2.074	5.62	0.21	2.3	97.7	0.0	1.09	0.63	0.77	1.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8465	1061	2	0	0	0	0	logfile

• Page 1 of 34
• next →