Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6o7K	0643	2024-09-25	2019-03-08	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.76	—	—	—	4.1	0.008	0.77	0.0	0.04	22.50	0.01	2.095	19.34	0.00	8.1	91.4	0.5	-1.78	—	0.90	0.84	—	57748	2934	25	1622	0	0	0	logfile
✘	8XUT	38683	2024-09-30	2024-01-14	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25149	3126	6	0	49	0	0	logfile
✘	8VKE	43315	2024-09-24	2024-01-09	3.1	3.35	3.10	3.3	0.003	0.59	0.0	0.04	14.19	0.00	2.103	5.82	0.14	2.6	97.4	0.0	-0.05	0.77	0.85	4.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6652	854	8	0	2	0	0	logfile
✘	9BAQ	44411	2024-09-25	2024-04-04	2.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9733	1154	9	36	1	0	0	logfile
✘	8Y7Y	39026	2024-09-24	2024-02-05	3.24	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6860	861	13	0	27	0	0	logfile
✘	8XUS	38682	2024-09-30	2024-01-14	3.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25713	3189	6	0	55	0	0	logfile
✘	8SL8	40575	2024-09-28	2023-04-21	4.2	4.52	4.23	4.2	0.004	0.68	0.0	0.04	10.98	0.00	2.201	10.62	0.00	3.6	96.4	0.0	-0.88	0.65	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19688	3152	4	0	0	0	0	logfile
✘	8ZFM	60065	2024-09-27	2024-05-08	2.96	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17120	2060	25	0	30	10	0	logfile
✘	8XUU	38684	2024-09-23	2024-01-14	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3598	431	3	0	9	0	0	logfile
✘	9F43	50182	2024-09-24	2024-04-26	3.49	3.69	3.45	3.7	0.002	0.49	0.0	0.04	14.27	0.00	2.074	5.62	0.21	2.3	97.7	0.0	1.09	0.63	0.77	1.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8465	1061	2	0	0	0	0	logfile
✘	8WiZ	37573	2024-09-27	2023-09-25	2.2	2.38	2.23	2.4	0.015	1.78	6.0	0.10	20.31	0.03	0.000	13.55	10.83	2.8	97.2	0.0	-1.91	0.59	0.73	3.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15306	1722	36	0	18	1068	0	logfile
✘	8VLU	43344	2024-09-24	2024-01-12	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8596	1096	4	0	9	0	0	logfile
✘	8K0A	36758	2024-09-27	2023-07-07	3.12	3.92	3.22	3.6	0.003	0.61	0.0	0.04	15.54	0.00	2.189	5.09	0.00	2.3	97.7	0.0	-0.50	0.88	0.82	3.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14952	1845	6	0	0	0	0	logfile
✘	8XLV	38460	2024-09-30	2023-12-26	3.07	2.39	3.08	3.2	0.003	0.67	1.0	0.05	13.41	0.01	2.202	11.82	0.15	7.8	91.9	0.3	-1.74	0.66	0.70	2.55	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24219	3025	12	0	36	0	0	logfile
✘	8XB4	38210	2024-09-23	2023-12-05	2.92	3.16	2.96	3.2	0.005	0.61	0.0	0.04	14.47	0.00	2.258	7.33	0.00	1.9	98.1	0.0	-1.88	0.61	0.81	3.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4307	536	2	0	1	0	0	logfile
✘	9CEU	45519	2024-09-26	2024-06-27	3.29	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13398	607	5	108	1	0	6141	logfile
✘	9EQ5	19897	2024-09-27	2024-03-20	2.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15796	2052	8	0	0	0	0	logfile
✘	9ASo	43821	2024-09-25	2024-02-26	2.9	3.56	2.94	3.1	0.003	0.60	0.0	0.05	17.62	0.00	2.281	3.38	1.04	1.6	98.4	0.0	1.28	0.80	0.66	2.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9426	966	6	71	4	2	0	logfile
✘	9CEY	45523	2024-09-26	2024-06-27	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13829	607	6	121	3	3	6298	logfile
✘	8Y8B	39040	2024-09-24	2024-02-06	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7303	902	14	0	26	0	0	logfile

• Page 1 of 34
• next →