Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6LQA	0942	2023-05-04	2020-01-13	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9387	1151	1	0	10	0	0	logfile
✘	7S9Y	24941	2023-05-03	2021-09-21	3.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7395	901	1	0	3	0	0	logfile
✘	7Y7W	33672	2023-05-03	2022-06-22	2.4	2.70	2.46	2.7	0.006	0.78	0.0	0.08	17.46	0.00	1.907	5.88	1.11	3.0	97.0	0.0	0.06	0.68	0.85	4.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4310	529	1	0	7	48	0	logfile
✘	7QFQ	13947	2023-05-04	2021-12-06	3.6	3.83	3.58	4.0	0.002	0.54	0.0	0.04	12.93	0.00	2.177	8.31	0.00	5.4	94.6	0.0	-0.70	0.65	0.70	1.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10659	1291	1	0	0	0	0	logfile
✘	7RAV	24387	2023-05-03	2021-07-02	3.3	2.69	3.21	2.4	0.004	0.93	0.0	0.05	15.84	0.01	2.224	16.68	1.17	16.7	82.9	0.4	-3.36	0.72	0.71	2.18	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6215	773	1	0	1	0	0	logfile
✘	7S9Z	24942	2023-05-03	2021-09-21	4.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7274	890	1	0	2	0	0	logfile
✘	7K10	22619	2023-05-04	2020-09-06	3.3	3.44	—	3.4	0.006	0.98	0.0	0.05	15.43	0.01	2.300	4.19	0.37	10.6	89.3	0.1	-5.28	0.72	0.77	2.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10037	1259	1	0	0	0	0	logfile
✘	6HYD	0308	2023-05-05	2018-10-19	3.9	4.01	—	4.0	0.004	0.85	0.0	0.05	9.33	0.01	2.319	2.63	0.24	5.7	94.0	0.3	-6.69	0.74	0.77	2.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12168	1543	1	0	31	0	0	logfile
✘	7oE7	12861	2023-05-05	2021-05-01	3.73	3.95	3.97	3.7	0.002	0.53	0.0	0.04	14.33	0.00	2.084	3.86	0.00	6.8	93.2	0.0	-1.48	0.79	0.64	0.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11116	1382	1	0	2	0	0	logfile
✘	8HJ9	34835	2023-05-03	2022-11-22	3.12	3.29	3.00	3.2	0.004	0.65	0.0	0.04	15.54	0.00	2.234	10.94	0.00	2.7	97.3	0.0	1.80	0.43	0.76	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3274	416	1	0	1	0	0	logfile
✘	7ZKA	14760	2023-05-04	2022-04-12	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9406	1177	1	0	9	4	0	logfile
✘	7W01	32233	2023-05-05	2021-11-17	3.3	3.43	—	3.4	0.011	1.11	1.0	0.06	15.95	0.01	1.717	9.85	0.60	13.3	85.9	0.8	-4.55	0.68	0.86	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12724	1598	1	0	7	0	0	logfile
✘	7FiL	31602	2023-05-03	2021-07-31	3.0	2.84	—	3.6	0.008	1.05	2.0	0.06	18.46	0.01	2.213	19.35	8.76	7.7	91.1	1.2	-1.82	0.71	0.75	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3993	504	1	0	0	0	0	logfile
✘	7N6B	24206	2023-05-03	2021-06-08	2.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5942	757	1	0	2	0	0	logfile
✘	5Lii	4053	2023-05-02	2016-07-14	3.8	2.99	—	3.9	0.015	2.41	6.0	0.14	12.69	0.01	1.855	42.83	1.41	16.9	81.9	1.2	-6.10	0.55	0.70	3.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3098	433	1	0	0	0	0	logfile
✘	7ZK5	14755	2023-05-04	2022-04-12	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9435	1177	1	0	10	33	0	logfile
✘	7ZK7	14757	2023-05-04	2022-04-12	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9112	1157	1	0	4	0	0	logfile
✘	7ZK8	14758	2023-05-04	2022-04-12	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9331	1181	1	0	7	4	0	logfile
✘	7PQ5	13587	2023-05-03	2021-09-16	3.17	3.58	3.09	3.4	0.005	0.85	0.0	0.05	15.55	0.01	2.255	3.50	2.82	4.5	95.3	0.2	-0.13	0.85	0.87	5.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8512	1047	1	0	0	0	0	logfile
✘	7P03	13142	2023-05-09	2021-06-29	3.45	3.78	—	3.7	0.006	0.68	0.0	0.04	13.86	0.00	1.801	6.52	0.00	5.4	94.6	0.0	-0.70	0.62	0.71	1.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21149	1333	1	0	0	0	10498	logfile

• Page 1 of 55
• next →