Table showing results for March 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7Q4V	13818	2023-03-17	2021-11-02	4.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.14	—	—	—	5.9	0.003	0.74	0.0	0.05	13.11	0.00	2.113	19.49	0.00	4.6	95.3	0.1	-0.69	—	0.76	0.77	—	19303	2520	12	0	24	0	0	logfile
✘	5o9G	3765	2023-03-17	2017-06-19	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.25	—	—	—	4.8	0.004	0.80	0.0	0.04	24.58	0.01	1.106	18.06	0.00	4.4	95.5	0.1	-1.54	—	0.86	0.77	—	19681	1610	11	324	2	0	0	logfile
✘	6o7K	0643	2023-03-13	2019-03-08	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.76	—	—	—	4.1	0.009	0.80	0.0	0.04	15.73	0.01	2.058	27.11	0.04	9.4	90.2	0.4	-1.85	—	0.90	0.84	—	57748	2934	25	1622	0	0	0	logfile
✘	7XQ9	33391	2023-03-17	2022-05-07	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.05	—	—	2.74	3.8	0.002	0.51	0.0	0.03	15.61	0.00	2.205	4.12	0.14	2.2	97.8	0.0	3.52	—	0.54	0.83	2.53	19632	2412	12	0	0	0	0	logfile
✘	7ZR8	14886	2023-03-12	2022-05-03	3.7	3.81	3.43	3.8	0.003	0.46	0.0	0.04	8.45	0.00	2.181	7.02	0.74	3.9	96.1	0.0	-0.94	0.72	0.82	2.69	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3693	471	4	0	1	0	0	logfile
✘	6Hio	0226	2023-03-16	2018-08-30	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16085	1925	20	0	30	0	0	logfile
✘	6JZo	9898	2023-03-17	2019-05-03	3.28	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21405	2657	8	0	12	0	0	logfile
✘	7oRM	13042	2023-03-16	2021-06-06	3.3	3.39	—	3.4	0.004	0.70	1.0	0.05	13.36	0.00	2.004	6.24	0.20	3.2	96.8	0.0	0.73	0.82	0.85	2.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18369	2145	4	40	2	0	0	logfile
✘	6oES	20036	2023-03-16	2019-03-27	3.06	3.17	—	3.1	0.005	0.77	2.0	0.05	19.56	0.01	2.226	4.56	2.87	3.4	96.4	0.2	-3.12	0.81	0.83	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16829	1784	14	128	4	2	0	logfile
✘	8HJ9	34835	2023-03-12	2022-11-22	3.12	3.29	3.00	3.2	0.004	0.65	0.0	0.04	15.54	0.00	2.234	10.94	0.00	2.7	97.3	0.0	1.80	0.43	0.76	3.45	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3274	416	1	0	1	0	0	logfile
✘	5Li4	4052	2023-03-17	2016-07-14	4.2	5.13	—	4.0	0.053	3.06	114.0	0.34	14.44	0.02	0.111	93.07	2.94	14.0	79.1	6.9	-4.32	0.24	0.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20070	2562	6	0	0	0	0	logfile
✘	5MLV	3527	2023-03-13	2016-12-07	4.5	4.47	—	4.4	0.010	1.21	0.0	0.06	17.43	0.01	2.060	8.31	0.20	9.0	91.0	0.0	-4.85	0.67	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	56928	7218	36	6	24	0	0	logfile
✘	8GNJ	34166	2023-03-12	2022-08-24	3.78	3.60	3.67	3.6	0.012	1.34	0.0	0.07	15.38	0.01	1.811	12.03	0.00	4.6	95.4	0.0	-3.73	0.66	0.81	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5832	746	4	0	1	0	0	logfile
✘	7DH0	30677	2023-03-13	2020-11-12	4.2	4.70	—	4.5	0.007	1.27	0.0	0.06	11.24	0.01	1.514	6.99	0.60	16.3	83.1	0.6	-5.67	0.84	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	60091	7904	57	0	17	0	0	logfile
✘	6WJV	21701	2023-03-17	2020-04-14	3.5	3.60	—	3.5	0.009	1.66	1.0	0.08	15.51	0.01	1.466	5.97	0.05	7.2	92.8	0.0	-5.50	0.75	0.66	0.87	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19593	2567	5	0	1	0	0	logfile
✘	6LBH	0869	2023-03-13	2019-11-14	3.7	3.79	—	3.8	0.006	0.82	0.0	0.05	13.62	0.00	2.079	18.56	0.20	7.7	92.2	0.2	-2.87	0.75	0.83	2.95	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9219	1236	6	0	0	0	0	logfile
✘	6ZY9	11555	2023-03-15	2020-07-30	3.3	3.42	—	3.5	0.004	0.81	0.0	0.05	12.81	0.01	2.174	2.45	0.25	4.7	95.3	0.0	-5.76	0.62	0.71	1.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14973	1985	14	0	4	0	0	logfile
✘	6X68	22073	2023-03-13	2020-05-27	3.66	3.88	—	3.8	0.012	1.74	10.0	0.09	20.68	0.01	1.652	4.17	0.57	2.5	97.2	0.3	-0.38	0.72	0.77	1.47	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10246	956	7	124	8	0	0	logfile
✘	7DEG	30657	2023-03-14	2020-11-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12852	1520	12	0	18	0	0	logfile
✘	6HiQ	0227	2023-03-16	2018-08-30	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16110	1925	20	0	30	0	0	logfile

• Page 1 of 29
• next →