Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7RKH	24497	2023-05-17	2021-07-22	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.45	—	—	3.48	2.9	0.003	0.53	0.0	0.04	16.56	0.00	1.842	4.99	0.97	2.9	97.1	0.0	0.90	—	0.59	0.79	3.31	35352	2236	8	0	16	0	17564	logfile
✘	7oB9	12795	2023-05-15	2021-04-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.33	—	—	4.67	2.9	0.004	0.70	0.0	0.04	15.36	0.00	1.955	9.76	1.30	4.3	95.7	0.0	0.12	—	0.86	0.91	3.49	36345	4397	21	69	7	0	0	logfile
✘	6PPE	20434	2023-05-17	2019-07-06	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.78	—	—	4.24	3.5	0.004	0.55	0.0	0.04	14.59	0.00	1.924	5.42	0.00	2.3	97.7	0.0	1.70	—	0.77	0.86	3.68	43736	2814	42	0	0	14	21896	logfile
✘	6o7K	0643	2023-05-04	2019-03-08	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.76	—	—	—	4.3	0.004	0.69	0.0	0.04	15.44	0.00	2.073	20.70	0.00	8.3	91.3	0.4	-1.56	—	0.90	0.84	—	57748	2934	25	1622	0	0	0	logfile
✘	7BL3	12216	2023-05-15	2021-01-18	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.33	—	—	1.02	3.5	0.005	0.68	0.0	0.04	15.55	0.01	1.966	18.40	0.72	8.9	91.1	0.0	-1.72	—	0.76	0.83	1.17	92831	3612	39	3021	2	27	0	logfile
✘	3J8H	2807	2023-05-04	2014-10-26	3.8	3.95	—	3.8	0.006	1.31	4.0	0.05	10.89	0.01	1.488	33.49	2.47	5.3	92.8	1.9	-2.06	0.65	0.64	1.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111160	12796	12	0	2276	0	0	logfile
✘	5GL0	9520	2023-05-04	2016-07-07	4.2	4.40	—	4.2	0.018	1.72	17.0	0.10	11.34	0.01	1.957	21.25	0.51	6.5	90.6	2.9	-2.58	0.74	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111000	15068	12	0	4	0	0	logfile
✘	7QV7	14169	2023-05-16	2022-01-19	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41236	5276	32	0	58	0	0	logfile
✘	6PLU	20376	2023-05-06	2019-07-01	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14665	1720	15	0	80	0	0	logfile
✘	5GKY	9518	2023-05-04	2016-07-07	3.8	4.18	—	4.0	0.017	1.70	19.0	0.10	11.29	0.01	1.789	19.04	0.51	5.8	91.8	2.5	-2.71	0.73	0.79	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111036	15068	12	0	4	0	0	logfile
✘	6U8Q	20689	2023-05-09	2019-09-05	4.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21129	2442	18	96	6	0	0	logfile
✘	7WDB	32436	2023-05-09	2021-12-21	2.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22400	2660	8	0	28	0	0	logfile
✘	8ERA	28551	2023-05-12	2022-10-11	2.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29054	3644	6	0	2	0	0	logfile
✘	6PLS	20374	2023-05-06	2019-07-01	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14610	1720	15	0	75	0	0	logfile
✘	6RWN	10043	2023-05-07	2019-06-05	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18346	2076	26	86	16	8	0	logfile
✘	7RR6	24653	2023-05-10	2021-08-09	3.1	3.36	3.18	3.3	0.008	1.21	12.0	0.08	15.64	0.01	2.102	14.14	0.44	5.0	95.0	0.0	-1.19	0.74	0.84	3.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23821	3063	6	0	35	0	0	logfile
✘	7YRQ	34064	2023-05-04	2022-08-10	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9812	1247	4	0	2	0	0	logfile
✘	7P2Y	13174	2023-05-15	2021-07-06	3.1	3.84	—	3.5	0.004	0.70	0.0	0.04	11.76	0.00	2.088	10.47	0.08	3.8	96.2	0.0	0.12	0.82	0.87	2.60	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37172	4904	30	0	9	3	0	logfile
✘	7JR7	22443	2023-05-07	2020-08-11	3.3	3.18	—	3.3	0.010	1.34	4.0	0.08	11.83	0.01	2.254	3.49	0.57	2.6	97.0	0.4	0.62	0.65	0.79	2.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15799	2020	6	0	0	0	0	logfile
✘	6PLV	20377	2023-05-06	2019-07-01	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14655	1725	15	0	75	0	0	logfile

• Page 1 of 55
• next →