Table showing results for March 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6JV2	9889	2023-03-13	2019-04-15	4.4	5.59	—	4.4	0.011	1.30	1.0	0.06	16.74	0.01	2.116	19.38	1.92	13.3	86.5	0.3	-4.61	0.83	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111080	14564	16	0	24	0	0	logfile
✘	6Ji8	9833	2023-03-14	2019-02-20	3.6	3.80	—	3.7	0.010	1.26	8.0	0.06	11.98	0.01	2.196	8.60	1.03	10.5	89.0	0.5	-4.77	0.73	0.77	2.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115060	15024	16	0	4	0	0	logfile
✘	6VRL	21370	2023-03-12	2020-02-07	3.8	3.98	4.22	3.9	0.003	0.61	0.0	0.04	14.10	0.00	2.159	10.65	0.00	4.9	95.1	0.0	-3.12	0.49	0.69	1.43	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6141	764	4	0	4	0	0	logfile
✘	6JiY	9837	2023-03-14	2019-02-24	3.9	4.05	—	3.9	0.008	1.06	1.0	0.05	15.49	0.01	2.203	7.76	0.47	12.2	87.5	0.2	-5.76	0.73	0.78	1.40	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115288	15056	20	0	32	0	0	logfile
✘	5TAV	8386	2023-03-16	2016-09-10	4.8	4.96	5.58	4.7	0.004	0.89	4.0	0.05	9.80	0.01	1.373	4.75	0.39	9.7	90.1	0.2	-4.80	0.77	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	121452	13500	12	0	3716	0	0	logfile
✘	6JHN	9826	2023-03-13	2019-02-18	4.5	7.49	—	4.4	0.010	1.23	0.0	0.06	16.52	0.01	2.114	19.26	1.44	13.9	85.8	0.3	-4.27	0.85	0.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	109488	14332	12	0	12	0	0	logfile
✘	6Jii	9834	2023-03-14	2019-02-21	4.2	4.38	—	4.1	0.008	1.12	0.0	0.06	11.41	0.01	2.208	7.63	0.57	11.2	88.4	0.4	-4.07	0.78	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	115028	15012	16	0	16	0	0	logfile
✘	5TAN	8380	2023-03-16	2016-09-10	4.3	4.50	4.44	4.3	0.005	0.91	4.0	0.05	9.88	0.01	1.372	5.67	0.47	10.4	89.4	0.2	-4.91	0.80	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	121456	13500	12	0	3720	0	0	logfile
✘	7WG5	32477	2023-03-13	2021-12-28	3.89	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	112687	11759	92	0	545	0	0	logfile
✘	6JH6	9825	2023-03-12	2019-02-17	4.8	5.31	—	4.8	0.006	1.07	1.0	0.05	11.37	0.01	2.197	12.11	0.58	10.8	88.9	0.3	-4.03	0.79	0.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	108924	14244	12	0	8	0	0	logfile
✘	5ZWM	6972	2023-03-13	2018-05-16	3.4	3.37	—	3.3	0.007	1.15	10.0	0.06	12.54	0.01	1.786	18.95	0.72	5.9	93.5	0.6	-3.22	0.51	0.43	1.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111041	12858	61	634	8	0	0	logfile
✘	6JRR	9879	2023-03-12	2019-04-05	3.9	4.09	—	3.9	0.010	1.14	4.0	0.06	15.90	0.01	1.827	8.44	0.80	10.2	89.5	0.2	-5.20	0.76	0.81	1.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	109132	14268	12	0	16	0	0	logfile
✘	7L20	23121	2023-03-13	2020-12-15	3.15	3.39	—	3.4	0.007	0.87	0.0	0.05	16.21	0.01	0.505	10.97	0.84	7.3	92.2	0.5	-3.38	0.69	0.79	2.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	110234	9454	67	1583	171	0	0	logfile
✘	7LiA	23365	2023-03-12	2021-01-26	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6279	767	5	0	27	0	0	logfile
✘	6XiT	22200	2023-03-17	2020-06-21	3.3	2.22	—	3.5	0.010	0.97	0.0	0.06	14.19	0.01	1.894	10.11	0.74	4.0	96.0	0.0	-3.79	0.65	0.73	3.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10403	1308	8	0	7	0	0	logfile
✘	5XJC	6721	2023-03-15	2017-04-30	3.6	3.69	3.82	3.6	0.013	1.58	25.0	0.10	16.70	0.01	1.113	24.22	8.13	4.9	93.3	1.8	-1.84	0.46	0.53	1.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	116421	14184	59	405	24	0	0	logfile
✘	5TAQ	8382	2023-03-16	2016-09-10	4.1	4.24	4.25	4.1	0.005	0.97	0.0	0.05	10.16	0.01	1.373	4.58	0.43	10.9	88.9	0.2	-5.26	0.76	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	121456	13500	12	0	3720	0	0	logfile
✘	5GM6	9524	2023-03-13	2016-07-12	3.5	3.61	—	3.6	0.012	1.33	11.0	0.08	13.79	0.01	1.303	18.95	3.36	6.6	92.1	1.2	-3.54	0.58	0.83	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	112064	12796	55	361	881	0	0	logfile
✘	7WST	32766	2023-03-13	2022-02-01	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9438	1202	4	0	8	0	0	logfile
✘	7SPB	24769	2023-03-13	2021-11-02	3.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile

• Page 1 of 29
• next →