Table showing results for October 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6PPE	20434	2023-10-20	2019-07-06	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.78	—	—	4.24	3.5	0.004	0.55	0.0	0.04	14.59	0.00	1.924	5.42	0.00	2.3	97.7	0.0	1.70	—	0.77	0.86	3.68	43736	2814	42	0	0	14	21896	logfile
✘	8F8S	28935	2023-10-10	2022-11-22	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.35	—	—	3.68	1.9	0.003	0.66	0.0	0.05	17.12	0.00	1.972	7.88	1.88	3.5	96.5	0.0	0.36	—	0.79	0.84	3.18	20371	2579	14	0	14	0	0	logfile
✘	6PPD	20433	2023-10-10	2019-07-06	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.49	—	—	2.40	3.6	0.004	0.72	0.0	0.04	15.94	0.00	2.084	10.22	0.40	4.9	95.0	0.0	-1.64	—	0.50	0.82	2.02	68769	8728	16	0	0	0	0	logfile
✘	6J99	9783	2023-10-10	2019-01-22	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.88	—	—	—	4.1	0.004	0.79	0.0	0.04	27.39	0.00	2.135	19.54	0.20	5.7	94.3	0.0	-0.95	—	0.78	0.78	—	15266	1164	12	289	0	0	0	logfile
✘	6o7K	0643	2023-10-04	2019-03-08	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.76	—	—	—	4.1	0.005	0.71	0.0	0.04	15.42	0.01	2.070	22.73	0.00	8.6	91.0	0.4	-1.53	—	0.90	0.84	—	57748	2934	25	1622	0	0	0	logfile
✘	6o9K	0662	2023-10-21	2019-03-14	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.96	—	—	—	4.0	0.003	0.71	0.0	0.03	16.29	0.01	2.027	24.45	0.78	8.9	90.5	0.5	-2.16	—	0.92	0.85	—	146597	6162	55	4594	0	0	0	logfile
✘	7BLX	12227	2023-10-20	2021-01-19	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	47524	3989	53	0	317	331	0	logfile
✘	7PSL	13613	2023-10-04	2021-09-23	3.3	3.77	—	3.7	0.006	0.65	0.0	0.04	14.91	0.00	2.258	5.27	0.00	3.9	96.1	0.0	-3.04	0.61	0.76	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9612	1200	4	0	4	0	0	logfile
✘	7QXN	14201	2023-10-19	2022-01-26	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.47	—	—	1.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	103713	13349	53	0	12	0	0	logfile
✘	7BV8	30215	2023-10-16	2020-04-09	3.14	3.53	—	3.5	0.007	0.75	0.0	0.04	15.53	0.01	2.007	9.15	0.29	8.3	91.5	0.3	-4.23	0.72	0.82	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	91505	3436	32	3017	0	0	0	logfile
✘	6CRV	7573	2023-10-10	2018-03-19	3.2	3.31	3.17	3.3	0.013	1.09	0.0	0.06	8.90	0.01	2.170	4.36	0.26	4.1	95.9	0.0	-3.09	0.74	0.81	3.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21036	2643	15	0	39	0	0	logfile
✘	7ZMD	14795	2023-10-13	2022-04-19	2.93	3.18	2.97	3.2	0.002	0.52	0.0	0.08	13.13	0.01	2.146	3.80	0.00	2.5	97.5	0.0	0.93	0.68	0.78	3.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18400	1191	2	0	0	0	9106	logfile
✘	7ZES	14692	2023-10-06	2022-03-31	3.1	3.32	3.11	3.4	0.005	0.61	0.0	0.04	13.69	0.01	1.966	5.90	0.00	2.3	97.7	0.0	0.35	0.75	0.82	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13538	1654	6	10	4	0	0	logfile
✘	7L02	23094	2023-10-20	2020-12-10	3.2	3.91	—	3.7	0.015	1.55	4.0	0.10	11.97	0.01	2.370	1.29	0.70	3.3	96.7	0.0	-0.25	0.80	0.74	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44110	3776	23	0	69	0	13841	logfile
✘	7UB5	26435	2023-10-12	2022-03-14	3.35	3.64	3.34	3.5	0.004	0.67	0.0	0.05	13.29	0.01	2.287	3.61	0.00	3.5	96.5	0.0	-0.85	0.85	0.87	3.11	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24923	3104	16	0	47	0	0	logfile
✘	7BP0	30138	2023-10-19	2020-03-20	4.6	4.05	—	4.2	0.014	2.51	229.0	0.17	20.41	0.02	1.115	151.43	28.18	10.1	84.8	5.1	-1.64	0.62	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41388	5244	12	0	0	0	0	logfile
✘	7VFU	31959	2023-10-09	2021-09-13	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19946	2409	9	0	41	0	0	logfile
✘	7XVE	33484	2023-10-06	2022-05-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13659	1569	8	0	42	0	0	logfile
✘	6U9W	20703	2023-10-13	2019-09-09	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26919	1686	12	3	42	0	12885	logfile
✘	6ZWo	11492	2023-10-12	2020-07-28	3.0	3.30	3.09	3.2	0.004	0.58	0.0	0.04	14.53	0.00	2.167	6.24	1.26	3.7	96.3	0.0	-2.70	0.70	0.84	1.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24994	3126	7	0	5	0	0	logfile

• Page 1 of 58
• next →