Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6PPE	20434	2023-05-17	2019-07-06	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.78	—	—	4.24	3.5	0.004	0.55	0.0	0.04	14.59	0.00	1.924	5.42	0.00	2.3	97.7	0.0	1.70	—	0.77	0.86	3.68	43736	2814	42	0	0	14	21896	logfile
✘	7RKH	24497	2023-05-17	2021-07-22	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.45	—	—	3.48	2.9	0.003	0.53	0.0	0.04	16.56	0.00	1.842	4.99	0.97	2.9	97.1	0.0	0.90	—	0.59	0.79	3.31	35352	2236	8	0	16	0	17564	logfile
✘	7oB9	12795	2023-05-15	2021-04-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.33	—	—	4.67	2.9	0.004	0.70	0.0	0.04	15.36	0.00	1.955	9.76	1.30	4.3	95.7	0.0	0.12	—	0.86	0.91	3.49	36345	4397	21	69	7	0	0	logfile
✘	6o7K	0643	2023-05-04	2019-03-08	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.76	—	—	—	4.3	0.004	0.69	0.0	0.04	15.44	0.00	2.073	20.70	0.00	8.3	91.3	0.4	-1.56	—	0.90	0.84	—	57748	2934	25	1622	0	0	0	logfile
✘	7BL3	12216	2023-05-15	2021-01-18	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.33	—	—	1.02	3.5	0.005	0.68	0.0	0.04	15.55	0.01	1.966	18.40	0.72	8.9	91.1	0.0	-1.72	—	0.76	0.83	1.17	92831	3612	39	3021	2	27	0	logfile
✘	7LWJ	23547	2023-05-10	2021-03-01	3.24	3.45	—	3.3	0.014	1.83	2.0	0.10	13.55	0.01	2.482	0.34	0.84	7.0	92.8	0.2	-1.78	0.70	0.68	1.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23840	3003	6	0	30	0	0	logfile
✘	7LN4	23448	2023-05-14	2021-02-06	3.0	3.91	3.03	3.5	0.009	0.65	0.0	0.04	12.72	0.01	2.019	7.53	0.03	2.1	97.9	0.0	1.49	0.80	0.71	1.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35094	4432	13	0	42	0	0	logfile
✘	7RH5	24455	2023-05-15	2021-07-16	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	93342	6072	44	0	66	0	44380	logfile
✘	8DK2	27481	2023-05-10	2022-07-01	4.1	4.81	4.17	4.1	0.002	0.47	0.0	0.04	13.54	0.00	1.988	7.72	2.88	3.7	96.3	0.0	2.05	0.84	0.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23727	2840	12	52	4	0	0	logfile
✘	7WTo	32793	2023-05-17	2022-02-05	3.5	3.41	—	3.3	0.005	0.84	0.0	0.04	15.98	0.01	2.105	6.35	0.05	7.9	92.0	0.1	-2.03	0.85	0.84	2.16	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44490	2383	17	1200	1	0	0	logfile
✘	6Vi0	21208	2023-05-09	2020-01-10	3.43	3.96	3.49	3.8	0.008	1.12	3.0	0.10	13.99	0.01	2.241	6.11	1.23	7.8	92.0	0.2	-5.43	0.80	0.83	2.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20823	2418	45	0	135	0	0	logfile
✘	7M5Y	23685	2023-05-07	2021-03-25	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15447	1000	1	0	24	8	7534	logfile
✘	7oi7	12920	2023-05-14	2021-05-11	3.5	3.35	—	3.3	0.006	0.95	1.0	0.05	15.05	0.01	2.041	6.91	0.10	4.3	95.7	0.0	-1.48	0.73	0.75	2.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	89747	8101	60	1110	52	0	0	logfile
✘	7WoR	32656	2023-05-12	2022-01-22	3.7	2.87	—	3.2	0.003	0.53	0.0	0.05	9.19	0.01	2.216	8.02	5.34	7.7	92.2	0.1	-4.04	0.72	0.71	1.83	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	29670	3799	9	0	23	0	0	logfile
✘	7KE9	22835	2023-05-09	2020-10-10	3.08	3.62	—	3.5	0.013	1.74	0.0	0.09	12.23	0.01	2.491	0.11	0.04	5.8	94.0	0.2	-0.81	0.80	0.80	4.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22365	2875	18	0	59	0	0	logfile
✘	7V82	31787	2023-05-16	2021-08-22	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.41	—	—	1.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40092	4902	39	0	84	0	0	logfile
✘	7WTD	32779	2023-05-11	2022-02-04	3.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	27137	3491	6	0	4	0	0	logfile
✘	7RH7	24457	2023-05-15	2021-07-16	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	93207	6072	44	0	64	0	44381	logfile
✘	7XU5	33459	2023-05-17	2022-05-18	3.1	3.44	2.94	3.2	0.008	0.76	0.0	0.05	13.78	0.00	2.104	2.92	0.00	3.9	96.1	0.0	-1.17	0.84	0.82	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	44292	2814	12	0	45	0	21549	logfile
✘	7M5V	23683	2023-05-07	2021-03-24	2.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16295	1046	1	0	24	6	7985	logfile

• Page 1 of 55
• next →