Table showing results for March 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	2XEA	1730	2023-03-14	2010-05-12	4.6	4.10	—	4.2	0.012	2.12	0.0	0.12	20.46	0.02	1.226	2.63	3.68	8.6	90.1	1.3	-3.51	0.39	0.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62671	7546	98	147	0	0	0	logfile
✘	3A5X	1641	2023-03-12	2009-08-13	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3616	494	1	0	0	0	0	logfile
✘	3J5Q	5776	2023-03-17	2013-10-28	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18556	2448	8	0	44	0	292	logfile
✘	3J8H	2807	2023-03-13	2014-10-26	3.8	3.95	—	3.8	0.006	1.31	4.0	0.05	10.89	0.01	1.488	33.49	2.47	5.3	92.8	1.9	-2.06	0.65	0.64	1.52	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111160	12796	12	0	2276	0	0	logfile
✘	3JAF	6346	2023-03-15	2015-06-08	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13865	1710	15	0	15	0	0	logfile
✘	4CE4	2490	2023-03-15	2013-11-08	4.9	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	65473	3572	40	1437	984	0	0	logfile
✘	5A7U	3079	2023-03-11	2015-07-10	4.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	455	27	1	0	1	0	231	logfile
✘	5BK4	9400	2023-03-14	2017-09-12	3.9	4.14	—	4.1	0.008	1.23	0.0	0.06	14.44	0.01	2.234	5.12	1.24	12.2	87.6	0.2	-4.81	0.81	0.79	2.13	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	62482	7636	22	120	8	0	0	logfile
✘	5BKF	9403	2023-03-15	2021-03-19	3.6	3.87	—	4.0	0.004	0.54	0.0	0.04	13.37	0.00	2.015	7.17	0.35	6.2	93.8	0.0	-3.64	0.66	0.81	2.57	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13470	1694	10	0	9	0	0	logfile
✘	5GKY	9518	2023-03-13	2016-07-07	3.8	4.18	—	4.0	0.017	1.70	19.0	0.10	11.29	0.01	1.789	19.04	0.51	5.8	91.8	2.5	-2.71	0.73	0.79	1.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111036	15068	12	0	4	0	0	logfile
✘	5GKZ	9519	2023-03-13	2016-07-07	4.0	4.10	—	4.0	0.019	1.71	36.0	0.11	11.29	0.01	1.755	15.04	0.51	6.5	91.2	2.3	-2.89	0.72	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111000	15068	12	0	4	0	0	logfile
✘	5GL0	9520	2023-03-13	2016-07-07	4.2	4.40	—	4.2	0.018	1.72	17.0	0.10	11.34	0.01	1.957	21.25	0.51	6.5	90.6	2.9	-2.58	0.74	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111000	15068	12	0	4	0	0	logfile
✘	5GM6	9524	2023-03-13	2016-07-12	3.5	3.61	—	3.6	0.012	1.33	11.0	0.08	13.79	0.01	1.303	18.95	3.36	6.6	92.1	1.2	-3.54	0.58	0.83	2.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	112064	12796	55	361	881	0	0	logfile
✘	5GUP	9539	2023-03-13	2016-08-30	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	109982	13895	107	0	77	0	0	logfile
✘	5GW4	9540	2023-03-15	2016-09-08	4.7	4.89	—	4.8	0.001	0.42	0.0	0.04	7.26	0.00	2.187	6.49	0.00	4.3	95.6	0.1	-3.58	0.77	0.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64544	8446	16	0	0	0	0	logfile
✘	5GW5	9541	2023-03-15	2016-09-08	4.6	4.75	—	4.7	0.002	0.58	0.0	0.04	7.37	0.00	2.136	6.87	0.01	4.5	95.4	0.1	-3.73	0.74	0.64	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	64544	8446	16	0	0	0	0	logfile
✘	5Hi9	6580	2023-03-17	2016-01-11	4.4	4.53	—	4.4	0.009	1.46	20.0	0.09	13.13	0.01	2.033	23.50	0.93	7.7	91.4	0.8	-4.25	0.73	0.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19636	2408	4	0	0	0	0	logfile
✘	5iRX	8117	2023-03-15	2016-03-14	2.95	3.39	2.91	3.3	0.014	1.44	0.0	0.07	15.36	0.01	1.744	9.65	0.00	10.7	89.2	0.1	-6.45	0.67	0.77	3.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13162	1726	12	0	20	0	0	logfile
✘	5KMG	8266	2023-03-13	2016-06-27	3.5	4.13	—	4.0	0.019	1.34	0.0	0.10	12.53	0.02	1.894	3.71	0.00	5.8	92.0	2.2	-1.01	0.49	0.75	2.38	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	111594	13860	70	14	42	0	0	logfile
✘	5Li4	4052	2023-03-17	2016-07-14	4.2	5.13	—	4.0	0.053	3.06	114.0	0.34	14.44	0.02	0.111	93.07	2.94	14.0	79.1	6.9	-4.32	0.24	0.30	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20070	2562	6	0	0	0	0	logfile

• Page 1 of 29
• next →