Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7RKH	24497	2023-05-17	2021-07-22	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.45	—	—	3.48	2.9	0.003	0.53	0.0	0.04	16.56	0.00	1.842	4.99	0.97	2.9	97.1	0.0	0.90	—	0.59	0.79	3.31	35352	2236	8	0	16	0	17564	logfile
✘	6PPE	20434	2023-05-17	2019-07-06	3.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.78	—	—	4.24	3.5	0.004	0.55	0.0	0.04	14.59	0.00	1.924	5.42	0.00	2.3	97.7	0.0	1.70	—	0.77	0.86	3.68	43736	2814	42	0	0	14	21896	logfile
✘	7BL3	12216	2023-05-15	2021-01-18	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.33	—	—	1.02	3.5	0.005	0.68	0.0	0.04	15.55	0.01	1.966	18.40	0.72	8.9	91.1	0.0	-1.72	—	0.76	0.83	1.17	92831	3612	39	3021	2	27	0	logfile
✘	6o7K	0643	2023-05-04	2019-03-08	4.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-2.76	—	—	—	4.3	0.004	0.69	0.0	0.04	15.44	0.00	2.073	20.70	0.00	8.3	91.3	0.4	-1.56	—	0.90	0.84	—	57748	2934	25	1622	0	0	0	logfile
✘	7oB9	12795	2023-05-15	2021-04-21	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.33	—	—	4.67	2.9	0.004	0.70	0.0	0.04	15.36	0.00	1.955	9.76	1.30	4.3	95.7	0.0	0.12	—	0.86	0.91	3.49	36345	4397	21	69	7	0	0	logfile
✘	7XYA	33515	2023-05-11	2022-06-01	3.3	3.39	3.24	3.2	0.004	0.68	1.0	0.04	18.79	0.00	1.962	11.59	1.00	4.0	95.9	0.0	-0.19	0.81	0.84	1.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26550	3479	11	126	1	0	0	logfile
✘	7XYB	33516	2023-05-09	2022-06-01	3.7	4.48	3.71	3.3	0.005	0.75	1.0	0.05	16.21	0.00	1.956	17.39	0.62	4.8	95.0	0.2	-0.49	0.87	0.82	1.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22525	3187	10	65	1	0	0	logfile
✘	6XEV	22154	2023-05-04	2020-06-14	3.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10545	1312	8	0	25	0	0	logfile
✘	8G6X	29787	2023-05-15	2023-02-16	2.31	1.96	2.20	2.0	0.011	0.99	0.0	0.06	15.24	0.03	1.474	7.58	5.85	4.1	95.8	0.2	-2.02	0.68	0.83	5.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	93873	3177	72	3037	252	3462	0	logfile
✘	7oWG	13097	2023-05-05	2021-06-18	4.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	114114	7078	8	0	110	0	57040	logfile
✘	7BL2	12215	2023-05-15	2021-01-18	3.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	logfile
✘	6CVM	7770	2023-05-15	2018-03-28	1.9	2.49	1.94	2.3	0.012	0.92	0.0	0.06	10.16	0.01	2.053	3.70	0.00	2.7	97.3	0.0	-1.16	0.81	0.91	7.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37062	4084	12	0	20	4194	0	logfile
✘	7FiE	31590	2023-05-15	2021-07-31	2.36	3.35	—	3.1	0.008	1.11	3.0	0.06	11.57	0.01	2.243	4.11	0.89	4.2	95.7	0.2	-3.44	0.79	0.79	3.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36997	4674	13	0	28	0	0	logfile
✘	7FiD	31589	2023-05-15	2021-07-31	2.44	3.37	—	3.1	0.010	1.10	0.0	0.06	11.25	0.01	2.165	3.92	0.36	5.7	94.1	0.2	-3.56	0.79	0.79	3.22	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36992	4674	13	0	28	0	0	logfile
✘	7FD5	31535	2023-05-15	2021-07-16	2.4	3.12	—	2.9	0.015	1.23	4.0	0.07	11.36	0.01	2.203	5.63	0.51	6.3	93.5	0.2	-3.77	0.71	0.72	3.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37179	4674	13	0	34	0	0	logfile
✘	7ZG7	14705	2023-05-15	2022-04-02	1.77	1.79	1.79	1.8	0.004	0.74	0.0	0.04	14.44	0.01	1.952	3.06	0.00	1.8	98.2	0.0	3.49	0.77	0.86	9.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39086	4128	72	0	382	2680	0	logfile
✘	5LKH	4068	2023-05-15	2016-07-22	3.46	5.27	—	11.0	0.018	2.37	65.0	0.12	12.66	0.02	2.255	87.12	1.96	3.4	95.2	1.4	-0.27	0.38	0.17	-0.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37345	4740	5	0	0	0	0	logfile
✘	7XSQ	33431	2023-05-07	2022-05-15	2.88	2.17	2.83	2.1	0.009	0.93	3.0	0.06	17.11	0.01	2.157	2.60	2.74	6.1	93.8	0.1	-2.88	0.77	0.75	2.31	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16573	1967	4	34	4	0	0	logfile
✘	6Q2R	20578	2023-05-13	2019-08-08	4.3	4.92	—	4.6	0.004	0.82	0.0	0.05	8.43	0.01	1.384	4.86	0.00	5.4	94.6	0.0	-3.85	0.68	0.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	30392	3800	16	0	40	0	0	logfile
✘	7RL9	24522	2023-05-14	2021-07-23	3.3	3.87	—	3.6	0.003	0.73	0.0	0.04	11.05	0.00	2.210	9.51	0.00	8.1	91.6	0.3	-1.82	0.82	0.81	1.73	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35220	4464	12	0	12	0	0	logfile

• Page 1 of 55
• next →