Table showing results for May 2023

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7M5X	23684	2023-05-07	2021-03-25	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15476	1000	1	0	25	11	7545	logfile
✘	7UK4	26574	2023-05-06	2022-03-31	1.94	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14487	1856	6	0	2	390	0	logfile
✘	8E9H	27964	2023-05-15	2022-08-26	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36670	5058	22	0	14	0	0	logfile
✘	6VWK	21419	2023-05-03	2020-02-20	3.3	3.56	—	3.5	0.010	1.30	4.0	0.07	12.71	0.01	2.355	0.98	0.59	0.9	99.1	0.0	-0.35	0.65	0.83	2.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8423	1133	13	0	0	0	0	logfile
✘	7BYL	30244	2023-05-07	2020-04-23	2.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16332	2000	16	0	8	12	0	logfile
✘	6JPA	9868	2023-05-09	2019-03-26	2.6	2.76	—	2.8	0.013	1.51	3.0	0.12	17.16	0.01	1.921	38.35	11.40	8.8	89.5	1.7	-3.83	0.54	0.61	1.56	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22232	2694	14	0	42	0	0	logfile
✘	7QY7	14209	2023-05-16	2022-01-27	4.7	5.28	—	4.8	0.007	1.21	6.0	0.06	11.80	0.01	1.015	21.97	1.70	10.3	88.9	0.8	-4.62	0.85	0.74	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	99911	12865	51	0	6	0	0	logfile
✘	7L8G	23233	2023-05-07	2020-12-31	4.3	4.35	4.01	4.1	0.022	1.76	0.0	0.16	10.27	0.02	2.354	1.35	0.00	1.2	98.8	0.0	0.64	0.79	0.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15802	1695	39	0	307	0	0	logfile
✘	7D8X	30614	2023-05-05	2020-10-11	2.6	2.78	—	2.7	0.010	1.31	0.0	0.06	11.16	0.01	2.221	3.29	0.18	5.1	94.9	0.0	-3.36	0.70	0.86	4.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10928	1314	13	0	28	0	0	logfile
✘	6i7T	4428	2023-05-15	2018-11-17	4.61	4.75	4.92	4.6	0.006	1.17	6.0	0.07	13.63	0.01	2.245	7.08	2.54	12.0	87.5	0.4	-4.32	0.74	0.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	37004	4682	16	0	0	0	0	logfile
✘	6YT5	10912	2023-05-16	2020-04-23	3.0	2.67	—	3.3	0.010	0.73	0.0	0.05	15.51	0.00	2.196	13.84	0.15	8.0	92.0	0.0	-4.28	0.85	0.81	2.08	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39078	5040	12	0	0	0	0	logfile
✘	6CRX	7575	2023-05-11	2018-03-19	3.9	4.05	4.09	3.9	0.010	1.12	1.0	0.06	9.42	0.01	2.208	7.00	0.18	6.8	93.2	0.0	-3.73	0.76	0.75	1.86	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	26012	3203	33	0	74	0	0	logfile
✘	6JP5	9866	2023-05-09	2019-03-25	2.9	3.03	—	3.1	0.016	1.54	4.0	0.13	14.11	0.01	1.921	28.83	6.11	7.7	91.7	0.6	-3.65	0.56	0.62	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22068	2694	14	0	39	0	0	logfile
✘	7QXX	14205	2023-05-17	2022-01-27	4.4	4.95	—	4.7	0.009	1.22	5.0	0.06	11.93	0.01	1.006	17.58	1.25	9.8	89.8	0.4	-4.44	0.82	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	100121	12891	53	0	12	0	0	logfile
✘	7SY5	25517	2023-05-16	2021-11-24	2.59	3.51	—	2.8	0.005	0.82	0.0	0.05	13.39	0.01	2.281	3.07	0.00	2.1	97.9	0.0	-0.13	0.81	0.77	2.06	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	40083	4908	30	0	78	0	0	logfile
✘	7BP0	30138	2023-05-16	2020-03-20	4.6	4.05	—	4.2	0.014	2.51	229.0	0.17	20.41	0.02	1.115	151.43	28.18	10.1	84.8	5.1	-1.64	0.62	0.71	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	41388	5244	12	0	0	0	0	logfile
✘	7SXY	25510	2023-05-03	2021-11-24	2.79	3.53	—	3.2	0.005	0.84	0.0	0.06	13.35	0.01	2.303	2.81	0.00	1.3	98.7	0.0	-0.48	0.82	0.87	3.37	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6557	797	4	0	7	0	0	logfile
✘	8FHD	29082	2023-05-05	2022-12-14	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12686	1467	6	0	35	0	0	logfile
✘	7MZ6	24084	2023-05-08	2021-05-24	2.91	3.02	2.87	3.0	0.009	0.91	0.0	0.26	12.60	0.00	2.085	1.16	0.77	5.5	94.2	0.2	0.24	0.63	0.88	3.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20377	2476	8	0	9	0	0	logfile
✘	8E9i	27965	2023-05-15	2022-08-26	2.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35471	5048	22	0	14	0	0	logfile

• Page 1 of 55
• next →