Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7RHR	24467	2024-09-24	2021-07-18	3.0	3.18	—	3.1	0.006	0.84	0.0	0.05	11.89	0.01	2.131	9.63	0.00	5.1	94.8	0.1	-0.44	0.68	0.81	3.54	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7820	974	3	0	7	0	0	logfile
✘	6LMU	0920	2024-09-29	2019-12-26	3.4	3.65	3.35	3.7	0.010	1.16	0.0	0.06	16.07	0.01	2.033	5.34	1.50	10.7	89.3	0.0	-5.98	0.66	0.73	2.00	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	22429	2893	11	0	0	0	0	logfile
✘	6V3E	21034	2024-09-24	2019-11-25	4.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	50850	2311	20	1528	0	0	0	logfile
✘	8iB2	35329	2024-09-27	2023-02-09	3.8	3.87	3.55	3.8	0.003	0.69	0.0	0.05	13.90	0.01	2.232	3.61	0.00	2.2	97.8	0.0	-0.01	0.59	0.86	1.93	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15229	1931	11	0	5	0	0	logfile
✘	7DH5	30678	2024-09-24	2020-11-12	3.16	3.27	3.08	3.3	0.008	0.80	0.0	0.05	14.10	0.00	2.005	10.57	0.00	5.6	94.4	0.0	-3.78	0.66	0.81	3.17	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7850	1027	6	0	1	0	0	logfile
✘	7Qo1	14080	2024-09-26	2021-12-23	4.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14179	1694	9	62	1	0	0	logfile
✘	7C8K	30306	2024-09-24	2020-06-02	3.2	3.18	—	3.1	0.002	0.51	0.0	0.05	13.49	0.00	2.001	4.88	0.00	3.2	96.8	0.0	-1.52	0.82	0.78	2.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4853	596	3	0	6	0	0	logfile
✘	7P1H	13159	2024-09-26	2021-07-01	3.9	4.12	—	3.9	0.005	1.01	0.0	0.05	14.38	0.01	2.016	12.38	0.00	5.7	94.3	0.0	-1.60	0.81	0.60	0.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13966	898	4	0	2	0	6926	logfile
✘	6MN7	9166	2024-09-29	2018-10-01	4.8	5.01	—	5.0	0.016	2.23	12.0	0.12	17.86	0.02	1.395	35.74	0.57	8.6	89.4	2.0	-2.34	0.50	0.19	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21447	2418	66	0	192	0	0	logfile
✘	6JMR	9850	2024-09-25	2019-03-13	4.1	4.26	4.05	4.1	0.007	1.06	0.0	0.06	14.10	0.01	2.239	7.77	0.56	7.1	92.8	0.1	-4.05	0.83	0.78	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9809	1223	12	0	69	0	0	logfile
✘	5X58	6703	2024-09-30	2017-02-15	3.2	3.40	—	3.4	0.007	1.17	0.0	0.07	14.96	0.01	2.011	5.28	0.44	9.2	90.8	0.0	-4.64	0.68	0.79	2.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25265	3159	6	0	42	0	0	logfile
✘	6UJA	20794	2024-09-24	2019-10-02	3.3	3.49	—	3.4	0.014	1.49	0.0	0.09	11.59	0.01	1.802	0.19	0.14	2.7	97.1	0.2	0.28	0.82	0.82	3.35	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8224	1128	10	0	23	0	0	logfile
✘	7C8D	30305	2024-09-25	2020-05-29	3.0	2.79	—	2.8	0.003	0.53	0.0	0.04	17.37	0.00	1.998	9.03	6.05	3.6	96.4	0.0	-2.80	0.71	0.76	3.07	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6359	792	3	0	1	0	0	logfile
✘	6NDY	0443	2024-09-26	2018-12-14	3.6	3.70	—	3.6	0.005	0.89	0.0	0.05	14.71	0.01	2.037	4.67	0.00	5.9	94.1	0.0	-3.78	0.66	0.54	0.23	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12531	1596	12	0	20	0	0	logfile
✘	3J9S	6272	2024-09-25	2015-02-19	2.6	3.83	—	3.5	0.020	1.80	0.0	0.12	18.55	0.01	0.216	25.10	6.86	1.3	98.0	0.8	1.97	0.68	0.76	3.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9813	1191	6	0	15	315	0	logfile
✘	7BoX	30135	2024-09-28	2020-03-20	3.8	3.29	—	3.8	0.012	1.46	5.0	0.07	12.93	0.01	2.236	9.53	0.05	8.1	91.5	0.5	-4.94	0.78	0.81	2.90	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18618	2334	12	0	0	0	0	logfile
✘	5UCY	8539	2024-09-30	2016-12-22	4.6	4.99	—	4.6	0.011	1.21	3.0	0.06	13.21	0.01	0.244	89.25	0.68	11.3	88.3	0.5	-4.47	0.50	0.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25005	2610	12	3	6	0	4467	logfile
✘	8YGJ	39253	2024-09-29	2024-02-26	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19466	1777	6	241	0	0	0	logfile
✘	8EAo	27792	2024-09-28	2022-08-29	3.2	4.04	3.15	20.0	0.003	0.60	0.0	0.05	14.09	0.00	2.197	10.56	0.10	3.6	96.4	0.0	1.03	0.18	0.04	-0.14	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	71628	8964	24	0	0	0	0	logfile
✘	6N7W	0365	2024-09-24	2018-11-28	4.5	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	7837	808	5	70	2	0	0	logfile

• Page 1 of 539
• next →