Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	6XZP	10664	2024-09-28	2020-02-05	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.75	—	—	1.99	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.28	—	—	—	2.21	66221	4077	8	20	0	0	33176	logfile
✘	7UNK	26625	2024-09-26	2022-04-11	3.45	3.69	3.50	3.6	0.003	0.66	0.0	0.04	15.44	0.01	2.169	7.74	0.75	3.0	97.0	0.0	1.09	0.72	0.83	0.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10992	1401	4	0	0	0	0	logfile
✘	6XZD	10659	2024-09-27	2020-02-04	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.86	—	—	2.88	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	63749	3919	7	20	0	0	31961	logfile
✘	7XMV	33306	2024-09-27	2022-04-27	2.6	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15228	1842	18	0	30	810	0	logfile
✘	7ZRJ	14916	2024-09-25	2022-05-04	3.7	3.78	3.64	3.7	0.004	0.80	0.0	0.05	16.08	0.01	2.179	8.23	0.00	4.3	95.7	0.0	-1.26	0.70	0.82	1.66	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	11009	1449	6	0	9	0	0	logfile
✘	7NG8	12309	2024-09-28	2021-02-08	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20173	1341	4	0	0	0	9979	logfile
✘	6UGF	20763	2024-09-26	2019-09-26	4.2	4.51	—	4.2	0.008	1.11	0.0	0.05	14.48	0.01	2.046	4.71	0.30	6.0	93.9	0.1	-4.55	0.80	0.72	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13874	1862	12	0	9	0	0	logfile
✘	7XMU	33305	2024-09-27	2022-04-26	2.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15294	1842	18	0	36	822	0	logfile
✘	6VPC	21308	2024-09-27	2020-02-03	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16309	1633	9	154	5	0	0	logfile
✘	6XZG	10662	2024-09-28	2020-02-04	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.77	—	—	1.50	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.76	—	—	—	1.39	65993	4065	8	19	0	0	33062	logfile
✘	7UZE	26886	2024-09-27	2022-05-09	2.4	2.27	2.42	2.3	0.003	0.58	0.0	0.04	14.97	0.00	2.040	3.56	0.68	3.0	96.6	0.4	1.69	0.66	0.87	6.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	15105	988	12	0	4	113	7528	logfile
✘	7oZV	13138	2024-09-24	2021-06-28	3.2	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8409	991	6	22	2	0	0	logfile
✘	7oZU	13135	2024-09-24	2021-06-28	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8408	991	6	22	2	0	0	logfile
✘	7PPo	13583	2024-09-25	2021-09-14	2.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	10990	1383	5	0	2	0	0	logfile
✘	6M1D	30041	2024-09-29	2020-02-25	4.5	6.53	—	4.6	0.005	1.20	0.0	0.06	18.16	0.01	2.043	20.67	9.51	9.3	89.8	0.9	-5.09	0.69	0.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21776	2706	4	0	0	0	0	logfile
✘	3J5Q	5776	2024-09-28	2013-10-28	3.8	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18556	2448	12	0	44	0	292	logfile
✘	7LX2	23564	2024-09-28	2021-03-03	3.12	3.60	—	3.5	0.021	1.72	3.0	0.10	13.14	0.01	2.211	1.58	0.15	1.2	98.8	0.0	0.73	0.79	0.83	3.62	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20196	2322	54	0	144	0	0	logfile
✘	8H14	34424	2024-09-30	2022-09-30	3.39	3.39	3.33	3.4	0.005	0.95	6.0	0.06	13.87	0.01	2.177	2.50	1.35	3.6	96.4	0.0	-0.84	0.78	0.84	2.92	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24750	3087	6	0	45	0	0	logfile
✘	7PRo	13609	2024-09-24	2021-09-22	3.0	3.28	3.20	3.2	0.012	1.09	0.0	0.06	13.80	0.01	2.192	7.00	0.00	4.8	95.2	0.0	-1.65	0.61	0.84	3.12	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9032	1160	2	0	0	0	0	logfile
✘	8DZG	27797	2024-09-28	2022-08-07	3.1	3.44	3.21	3.5	0.008	0.73	0.0	0.04	16.80	0.00	2.076	2.92	0.29	4.8	95.0	0.2	-0.15	0.67	0.79	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	19758	2520	12	0	18	0	0	logfile

• Page 1 of 539
• next →