Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	8BVS	16270	2024-09-23	2022-12-05	3.61	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4799	617	4	1	1	0	0	logfile
✘	8AZU	15772	2024-09-29	2022-09-06	3.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-5.07	—	—	4.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23856	3108	42	0	0	0	0	logfile
✘	8B3P	15832	2024-09-28	2022-09-16	2.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.91	—	—	1.32	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5.88	—	—	—	0.02	17620	2370	55	0	0	0	0	logfile
✘	8B3Q	15833	2024-09-30	2022-09-16	2.58	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-1.09	—	—	3.67	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6.42	—	—	—	-0.26	25095	3395	75	0	0	0	0	logfile
✘	8RHG	19175	2024-09-26	2023-12-15	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	13897	1650	10	0	26	0	0	logfile
✘	7EK1	31165	2024-09-24	2021-04-03	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.75	—	—	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	53500	6720	20	0	0	0	0	logfile
✘	3A5X	1641	2024-09-23	2009-08-13	4.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-4.41	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3616	494	1	0	0	0	0	logfile
✘	7U16	26279	2024-09-23	2022-02-19	2.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3456	405	6	0	12	0	0	logfile
✘	8J1Q	35930	2024-09-23	2023-04-13	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5447	427	6	90	1	0	0	logfile
✘	8iP9	35635	2024-09-29	2023-03-14	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	73028	4393	41	1773	86	0	0	logfile
✘	8DNX	27583	2024-09-23	2022-07-12	2.98	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4342	549	8	0	1	0	71	logfile
✘	8DNY	27584	2024-09-23	2022-07-12	2.85	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4428	558	8	0	1	0	97	logfile
✘	8SQK	40708	2024-09-30	2023-05-04	3.01	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	25574	1487	16	70	3	131	12229	logfile
✘	7ZRZ	14923	2024-09-24	2022-05-05	3.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-0.27	—	—	2.48	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	0.14	—	—	—	1.82	6580	617	5	77	0	0	0	logfile
✘	7YSW	34084	2024-09-26	2022-08-13	3.03	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12407	1517	7	0	12	0	0	logfile
✘	8oJ7	16907	2024-09-26	2023-03-24	2.46	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12026	1355	5	67	3	0	0	logfile
✘	8J26	35945	2024-09-23	2023-04-14	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	5406	427	6	90	1	0	0	logfile
✘	8SX9	40828	2024-09-28	2023-05-20	3.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	18596	1153	1	0	0	0	9418	logfile
✘	8B3o	15831	2024-09-28	2022-09-16	2.97	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	-3.91	—	—	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	3.24	—	—	—	1.40	20475	2720	45	0	0	0	0	logfile
✘	7XFJ	33174	2024-09-26	2022-04-01	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	12805	943	11	262	0	0	0	logfile

• Page 1 of 538
• next →