Table showing results for September 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✘	7XT6	33440	2024-09-24	2022-05-16	3.63	3.90	3.63	3.9	0.005	0.81	0.0	0.05	17.76	0.01	2.182	8.34	0.81	9.7	90.3	0.0	-2.04	0.69	0.79	2.09	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8040	1003	10	0	21	0	0	logfile
✘	7VX5	32169	2024-09-24	2021-11-12	3.8	4.03	—	4.1	0.003	0.65	0.0	0.04	9.06	0.00	2.246	7.43	0.14	1.0	99.0	0.0	-2.69	0.56	0.68	2.10	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	6487	791	4	0	6	0	0	logfile
✘	7CP9	30421	2024-09-24	2020-08-06	3.0	3.22	—	3.2	0.007	1.24	0.0	0.04	17.40	0.00	2.183	8.57	7.05	6.5	93.5	0.0	-2.50	0.57	0.74	2.84	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8530	1021	16	0	11	0	0	logfile
✘	7AoD	11841	2024-09-26	2020-10-14	4.5	4.61	—	4.5	0.007	0.89	0.0	0.05	14.84	0.01	1.858	27.36	1.95	10.7	88.9	0.3	-4.20	0.79	0.75	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	59256	7466	34	0	12	0	0	logfile
✘	8E6W	27928	2024-09-29	2022-08-23	4.27	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21145	2502	13	58	18	0	53	logfile
✘	7WVF	32852	2024-09-26	2022-02-10	3.91	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	14249	1546	5	46	46	0	0	logfile
✘	8JF1	36206	2024-09-27	2023-05-16	2.85	2.80	2.83	3.0	0.015	1.88	0.0	0.08	14.78	0.01	0.001	6.41	0.71	2.6	97.4	0.0	-1.90	0.66	0.83	4.26	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16884	2052	8	0	32	8	0	logfile
✘	7NAR	12245	2024-09-25	2021-01-25	3.0	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	54452	2718	25	1534	100	0	0	logfile
✘	8JHY	36300	2024-09-25	2023-05-25	2.87	2.15	—	2.8	0.007	0.96	0.0	0.05	13.90	0.01	2.078	10.20	0.00	5.7	94.3	0.0	-2.25	0.75	0.77	3.68	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9073	1144	6	0	2	0	0	logfile
✘	8F4R	28857	2024-09-29	2022-11-11	3.06	3.36	3.18	3.3	0.004	0.56	0.0	0.04	11.50	0.00	2.212	7.54	3.22	1.2	98.7	0.0	1.85	0.75	0.81	2.80	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23675	3097	4	0	1	0	0	logfile
✘	7XC6	33113	2024-09-27	2022-03-23	2.79	2.93	2.77	3.0	0.006	0.72	0.0	0.05	17.67	0.00	2.003	7.10	7.75	7.1	92.9	0.0	-2.40	0.63	0.67	0.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	16176	2026	5	0	0	0	0	logfile
✘	8E70	27932	2024-09-29	2022-08-23	4.1	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21097	2502	13	61	18	0	63	logfile
✘	8ADi	15363	2024-09-29	2022-07-08	3.4	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	23152	1505	6	0	0	0	11364	logfile
✘	7EWP	31360	2024-09-30	2021-05-25	4.3	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	20179	1816	4	0	0	0	6804	logfile
✘	7Mi3	23838	2024-09-25	2021-04-16	3.5	3.72	3.45	3.6	0.012	1.47	0.0	0.08	13.20	0.01	1.978	5.17	1.94	6.8	92.8	0.3	-1.80	0.85	0.86	3.53	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9682	1192	2	0	4	0	0	logfile
✘	7NAT	12247	2024-09-24	2021-01-25	3.59	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	50921	2562	25	1430	66	0	0	logfile
✘	6VKS	21228	2024-09-30	2020-01-22	3.02	3.41	—	3.4	0.007	0.89	0.0	0.05	15.55	0.01	1.946	8.72	0.00	3.2	96.8	0.0	-3.88	0.74	0.79	2.05	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	24034	3131	6	0	18	0	0	logfile
✘	8CQC	16795	2024-09-24	2023-03-05	2.82	2.92	2.78	3.0	0.006	0.72	0.0	0.04	10.91	0.00	2.406	6.26	0.34	2.0	98.0	0.0	0.69	0.60	0.80	2.15	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	8735	1085	15	0	5	30	0	logfile
✘	7DNY	30790	2024-09-25	2020-12-11	3.4	4.13	—	4.0	0.009	1.25	1.0	0.07	15.29	0.01	2.203	9.38	1.04	5.4	94.6	0.0	-1.83	0.56	0.74	1.33	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	9221	1146	4	0	6	0	0	logfile
✘	8DXN	27770	2024-09-27	2022-08-02	3.4	3.71	3.47	3.7	0.003	0.55	0.0	0.04	15.09	0.00	2.166	5.09	0.00	7.1	92.9	0.0	0.69	0.70	0.78	2.04	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	17499	2101	7	0	0	0	0	logfile

• Page 1 of 538
• next →