Table showing results for July 2024

The table shows a selection of parameters. Activate more columns using the drop-down menus below.
peach highlight: initial model; blue highlight: re-refined model

Resolution

• Resolution
• D₉₉
• D_FSC
• D_Model
• D_Model refined

Map vs model

• CC_box
• CC_mask
• EMRinger
• CC_box refined
• CC_mask refined
• EMRinger refined

Geometry

• Bond rmsd
• Angle rmsd
• Cβ devts
• Chirality
• Dihedral rmsd
• Plane rmsd
• Min nonbonded
• Clashscore
• Rota outliers
• Bond rmsd refined
• Angle rmsd refined
• Cβ devts refined
• Chirality refined
• Dihedral rmsd refined
• Plane rmsd refined
• Min nonbonded refined
• Clashscore refined
• Rota outliers refined
• RMSD

Ramachandran

• Rama allowed
• Rama favored
• Rama outliers
• Z-score
• Rama allowed refined
• Rama favored refined
• Rama outliers refined
• Z-score refined

Composition

• # atoms
• # residues
• # chains
• # nucleotides
• # other
• # water
• # H

Other

• Date processed
• Release Date

Table content is loading...

Status	PDB code	EMDB code	Date processed	Release Date	Resolution	D99	DFSC	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	CCbox	CCmask	EMRinger	DModel	Bond rmsd	Angle rmsd	Cβ devts	Chirality	Dihedral rmsd	Plane rmsd	Min nonbonded	Clashscore	Rota outliers	Rama allowed	Rama favored	Rama outliers	Z-score	RMSD	CCbox	CCmask	EMRinger	# atoms	# residues	# chains	# nucleotides	# other	# water	# H	Logfile
✔	8U2B	41844	2024-07-20	2023-09-05	0.86	3.74	2.85	3.4	0.011	1.83	0.0	0.08	9.63	0.01	2.506	0.50	0.00	2.4	97.6	0.0	0.09	0.80	0.85	5.79	3.4	0.003	0.58	0.0	0.03	14.05	0.00	2.289	10.04	2.79	2.3	97.7	0.0	4.78	1.04	0.83	0.93	2.79	11396	1665	37	0	0	0	0	logfile
✘	7K3V	22657	2024-07-27	2020-09-14	1.34	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	38406	4128	72	0	334	2672	0	logfile
✘	7K3W	22658	2024-07-27	2020-09-14	1.36	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39086	4128	72	0	382	2680	0	logfile
✘	7A5V	11657	2024-07-23	2020-08-22	1.7	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	21155	2275	30	0	85	1015	0	logfile
✔	8P79	17522	2024-07-19	2023-05-30	1.7	1.76	1.73	1.8	0.014	1.73	0.0	0.08	14.30	0.01	2.251	3.34	0.90	2.1	97.7	0.2	-1.48	0.63	0.75	6.80	1.8	0.003	0.62	0.0	0.04	15.77	0.00	2.176	5.11	0.54	1.6	98.2	0.2	1.91	1.15	0.68	0.77	6.30	5256	630	6	0	1	180	0	logfile
✘	7EFC	31083	2024-07-18	2021-03-21	1.7	1.76	1.76	1.9	0.032	3.16	16.0	0.09	14.88	0.02	0.001	2.15	2.15	2.5	96.6	0.8	-0.84	0.75	0.84	6.42	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	4004	480	8	0	4	156	0	logfile
✔	8Q98	18271	2024-07-19	2023-08-20	1.75	1.75	1.77	1.8	0.011	1.66	0.0	0.07	9.83	0.01	2.543	0.00	0.00	0.5	99.5	0.0	-0.80	0.22	0.65	8.64	1.8	0.002	0.49	0.0	0.05	13.57	0.00	2.336	2.28	0.51	0.2	99.8	0.0	-0.44	0.91	0.43	0.90	7.94	7032	450	6	0	0	0	3588	logfile
✘	8CPU	16786	2024-07-26	2023-03-03	1.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35823	4152	72	0	38	1705	0	logfile
✘	8CPX	16789	2024-07-26	2023-03-03	1.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35827	4152	72	0	38	1709	0	logfile
✘	8CPV	16787	2024-07-26	2023-03-03	1.76	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	35855	4152	72	0	38	1737	0	logfile
✘	7ZG7	14705	2024-07-27	2022-04-02	1.77	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	39086	4128	72	0	382	2680	0	logfile
✔	7EFD	31084	2024-07-18	2021-03-21	1.77	1.78	1.82	1.9	0.033	3.16	12.0	0.09	15.32	0.02	0.001	1.61	2.15	1.7	97.5	0.8	-0.54	0.74	0.82	5.75	1.9	0.003	0.71	0.0	0.04	14.51	0.00	1.848	6.17	0.00	4.4	95.6	0.0	0.99	0.47	0.80	0.84	6.22	4004	480	8	0	4	156	0	logfile
✘	8CPW	16788	2024-07-26	2023-03-03	1.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36004	4152	72	0	38	1886	0	logfile
✘	8CPT	16785	2024-07-26	2023-03-03	1.79	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36024	4152	72	0	38	1906	0	logfile
✔	5K12	8194	2024-07-21	2016-05-17	1.8	2.40	—	2.8	0.008	0.97	0.0	0.06	10.27	0.01	2.051	19.79	0.82	3.8	96.2	0.0	-2.53	0.66	0.74	5.80	2.8	0.004	0.58	0.0	0.04	15.60	0.01	2.082	10.13	0.68	1.9	98.1	0.0	1.95	0.87	0.72	0.89	3.67	14856	1764	12	0	0	1086	0	logfile
✔	8P77	17520	2024-07-19	2023-05-30	1.8	1.83	1.92	1.9	0.006	0.58	0.0	0.04	16.68	0.00	2.228	5.35	1.08	1.3	98.5	0.2	2.01	0.68	0.79	5.73	1.9	0.005	0.67	0.0	0.04	17.08	0.01	2.123	7.39	1.08	1.5	98.4	0.2	1.65	0.73	0.68	0.80	5.63	5271	630	7	0	2	137	0	logfile
✘	8CPM	16783	2024-07-26	2023-03-03	1.81	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36090	4152	72	0	38	1972	0	logfile
✘	8CPS	16784	2024-07-26	2023-03-03	1.82	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	—	36034	4152	72	0	38	1916	0	logfile
✔	7QKY	14057	2024-07-19	2021-12-19	1.86	2.10	1.91	2.0	0.011	1.75	3.0	0.09	12.76	0.01	2.522	1.04	0.61	4.7	95.3	0.0	-3.08	0.33	0.75	8.32	2.0	0.005	0.78	0.0	0.05	16.52	0.00	2.181	6.58	1.21	6.2	93.8	0.0	-3.23	0.95	0.39	0.85	7.57	5760	396	6	0	0	0	2862	logfile
✔	8To5	41435	2024-07-27	2023-08-02	1.87	1.87	1.76	1.8	0.005	0.70	0.0	0.04	14.68	0.01	2.089	2.56	0.23	0.7	99.3	0.0	2.76	0.72	0.84	8.02	1.8	0.004	0.64	0.0	0.04	14.60	0.01	1.821	4.82	0.34	1.0	99.0	0.0	2.40	0.25	0.83	0.91	7.99	37187	2295	40	0	18	1933	17088	logfile

• Page 1 of 579
• next →